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一文囊括全基因组测序各步骤工具，值得收藏温馨提醒。这项技术能够一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，快速生成非常大的基因组学，表观基因组学和转录组学研究数据集。全基因组测序（WGS）是下一代测序技术，用于快速，低成本地确定生物体的完整基因组序列。它可以利用不断更新的信息来注释不同基因组（包括人类基因组hg18，hg19... 阅46 转1 评0 公众公开 19-03-28 18:43 |
可以试试Blat.Blast太慢？Blast（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi ）大概算是科研工作者们用的最多的生信工具之一了吧，拿到一段乱七八糟的序列，可以通过blast得到它的信息；Query type选择你输入的序列类型，是蛋白还是DNA等，当然也可以让Blat自动识别（Blat''''''''s guess），Output type选hyp... 阅19 转0 评0 公众公开 19-03-28 18:41 |
距离信号通路达人，你只差这一个KEGG“食”用教程（65页精美图文下载）信号通路是基础科研的精粹所在，而掌握通路浩瀚数据的钥匙就是KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）。3） 根据差异分子列表构建通路网络疾病 &通路。单分子 &通路。这就是新上线的解螺旋单元课04《KEGG信号通路数据库使用》，将KEGG的精华内容提炼浓缩... 阅71 转2 评0 公众公开 19-03-28 18:36 |
从头测序工具大全，从此测序研究不外包。基因组从头测序可以不依赖已知的参考基因序列，便可对某物种的全基因组序列进行测定，然后借助生物信息学的方法，对所得序列进行拼接、组装，从而获得该物种的全基因组序列图谱。基因组从头测序流程如下，有些步骤和全基因组测序相同。由于现在的大规模基因组测序还有局限，在产生的短子序列重建全基因... 阅30 转0 评0 公众公开 19-03-28 18:36 |
KEGG的主要用途有：查询通路信息、信号通路检索，以及非常推荐的分析工具KEGG Mapper，它可以根据前期筛选得到的差异分子列表去构建分子调控网络，得到清晰简明的通路图。查看KEGG中参与信号转导的信号通路，并点击mTOR信号通路，查看其关联的信号通路及调控的表型。请分析以下分子（人源）参与了哪些信号通路，并在信号通路中用粉红色标记表达... 阅34 转1 评0 公众公开 19-03-28 18:33 |
全新的MEGAＸ来啦！你还在用MEGA６建树吗？从1993年的第一版到今年发布的MEGA X，在这25年间，MEGA的下载次数达180多万，有10万多次引用。大家可以到MEGA的官网（https://www.megasoftware.net/）下载MEGAＸ（下载速度可能有点慢），为了方便大家下载，OmicShare论坛也提供Windowｓ系统的安装包（图形界面版），点 阅读原文 查看。从软件界面... 阅2 转自微笑如酒 公众公开 19-03-28 17:37 |
比DAVID强一万倍的基因注释工具，附详细教程。从数据库种类来说，Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源，使其不仅能完成通路富集和生物过程注释，还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析，致力于为科研工作者提供每个基因全面而详细的信息。Metascape对多个不同gene list提供两种分析模式，第一种可以将... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 19-03-28 17:34 |
ATCGTCaaaGANNAATGANGgggTAPerl代码示例单行命令perl -alne ''''''''{if(/^>/){$chr=$_}else{ $A_count{$chr}+=($_=~tr/Aa//); $T_count{$chr}+=($_=~tr/Tt//);$C_count{$chr}+=($_=~tr/Cc//); $G_count{$chr}+=($_=~tr/Gg//); $N_count{$chr}+=($_=~tr/Nn//); }}END{print ''''''... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 19-03-28 17:28 |
核酸研究又放出一大波数据库工具啦！18年到了，核酸研究(Nucleic Acids Res)又更新一大波数据库，今天就给大家扒一扒有哪些好用的吧~TCMID 2.0 (http://www.megabionet.org/tcmid/)药物成分——靶点——疾病——药物的调控网络。这是一个有关疾病基因调控网络的数据库。我们还可以检索疾病与疾病在表型、基因等的交叉区域。 阅1 转自微笑如酒 公众公开 19-03-28 17:25 |
生信软件系列~~生信草堂。时间如过隙之驹。小编已经陪大家一起学习生物信息相关知识半年有余。感谢大家对我们的支持和关注。在此。小编特整合不同系列。方便广大读者阅读感兴趣的文章。生 信 软 件 系 列。 阅1 转自微笑如酒 公众公开 19-03-28 17:22 |
