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作者：FoMo 转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台 Blast（https://blast.ncbi.nlm./Blast.cgi ）大概算是科研工作者们用的最多的生信工具之一了吧，拿到一段乱七八糟的序列，可以通过blast得到它的信息；设计完引物也可以通过blast看看它的特异性。但是大家有没有感觉到Blast速度真是太慢了，网页打开慢，计算过程也慢.... 比如我想找一段氨基酸序列对应的蛋白质，当我点完Blast，等了两分钟还没出结果（时间就是金钱啊....我们怎么能这样浪费金钱呢...） 所以我给大家推荐另一个工具Blat（http://genome./cgi-bin/hgBlat ），在UCSC的主页可以打开。Blast相对于这种比对有几个缺陷：速度偏慢、结果难于处理、无法表示出包含intron的基因定位等。Blat就是在这种形势下应运而生了。Blat的主要特点就是：速度快，共线性输出结果简单易读。 在Genome一栏选好物种信息。Query type选择你输入的序列类型，是蛋白还是DNA等，当然也可以让Blat自动识别（Blat's guess），Output type选hyperlink，结果中有超链接，可以点击进去在USCS中具体查看该基因信息；选psl则结果为表格形式。 一点Blat立马出结果，点击details可以查看具体的比对信息，点击browser可以查看对应的基因信息 这是点击browser后的页面，即常见的UCSC显示基因信息的页面。可以看出这段氨基酸数列是P53蛋白。 |
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