【生信】GEO数据挖掘视频课学习笔记# #{序列数据库}

GenBank简介

• 美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核算序列

• 由NIH下属的国立生物技术信息中心NBIC建立，与日本DNA数据库（DDBJ）以及欧洲分子生物学实验室核酸数据库（EMBL）一起，构成国际核酸序列数据库合作，每天交换数据。

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  GenBank进入方法
  

  NBIC网址：https://www.ncbi.nlm./    [search]

  

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  GenBank基本检索功能

• 限定词检索

• 特殊标识符检索（ACCESSION，GI)

• 范围检索

• 高级检索

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  限定词检索
  

  

  ↓

  

  

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       限定词检索

• 基因名称的检索限定词:[GENE] or[GENENAME]

• 生物体名称的检索限定词:[ORGN]or[ORGANISM]

• 作者姓名的检索限定词:[AUTH] or[AUTHOR]

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  标识符检索

• 基因信息号（GI)

• 为一串数字，如6995995

• GenBank/EMBL/DDBJ序列接收号

• 1个字母＋5个数字如U12345

• 2个字母＋6个数字如AY12345

• PDB序列接受号

• 1个数字＋3个字母如1TUP

• RefSeq序列号

• mRNA记录(NM_*)

• 基因组DNA重叠群(NT_*)

• 完整基因组或染色体(NC_*)

• 基因组局部区域(NG_*)

• 人类基因组序列注释加工得到的序列模型记(XM,XP,XR_*)

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范围检索


• 序列接受号范围检索

• AF114696:AF114714[ACCN]

  序列接受号的检索限定词为[ACCN]或者[ACCESSION]

• 序列长度范围检索

• 3000:400O[SLEN]

•  日期范围检索

• 2012/O1:2015/12/31[MDAT]or[PDAT]

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高级检索




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检索结果页面Format功能

一般是summary的形式



• GenBank

  

• Accession List

• FASTA

  

• GI List
  

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BLAST简介

Basic Local Alignment Search Tool

局部相似性基本查询工具--程序包（包含多个独立程序）

基于序列相似性的数据库搜索程序

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1.NCBI主站点:

    http://www.ncbNolm./BLAST/(网络版)

    ftp://ftp.ncbi.nlm.nM.gov/blast/(单机版)

2.其他站点:

    http://life./blast/

    http://nema.cap./ncbi_blast.html

https://blast.ncbi.nlm./Blast.cgi

或NCBI的【Resource】

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BLAST的主页有下列功能

nucleotide blast

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BLAT

The BLAST-Like Alignment Tool

当时随着人类基因组计划的进展，把大量的基因和ESTs快速定位到

较大的基因组上称为一种迫切需要。blast相对于这种比对有几个缺陷:速度偏慢、结果难于处理、无法表示包含intron的基因定位

对于比较小的序列对大基因组的比对，blat是首选。

速度快，共线性输出结果简单易读。无需访问硬盘硬盘，占用的系统资源很少

数据库索引一次性读入内存，可以反复地高速调用，

网址：http://genome./cgi-bin/hgBlat

UCSC主页上有BLAT的网页版入口

    UCSC网址：http://genome./

输出结果：