本篇介绍文献检索与追踪和核酸序列数据库，下篇介绍常用蛋白质研究相关数据库。
内容较多，可以点击右上角搜索页面内容，直接空降到对应位置~
PubMed、Google学术、
PubCrawler、Web of Science
Uniprot、OMIM、GeneCards、GENATLAS
BioGPS、PAXdb、Proteinatlas、
String、ExPASy、PDB、KEGG、Reactome
http://www.ncbi.nlm./pubmed/PubMed是聚焦生物医学领域的免费文献检索数据库。它隶属于美国国立卫生研究院、国立医学图书馆(NIM)所开发的国家生物信息中心(NCBI)。PubMed包括来自MEDLINE、生命科学期刊和在线书籍的3300多万条生物医学文献。文献可能提供PubMed Central和出版商网站的全文链接。值得注意的是，PubMed的文献搜索功能只能针对文献标题、摘要和关键词进行搜索，而不能对全文内容检索。另外，它的引文分析功能是基于数据库收录文献的引用，这意味着如果引用该文献的文章没有被PubMed收录，就不会出现引用的记录。如何使用PubMed进行搜索呢？以p53为例，搜索结果展示如下。
1. 搜索文献总数。
2. 柱形图代表历年来文献发表的数量，这里可以放大图形或下载数据。鼠标悬停在其中一个柱形会显示该年发表文献的数量，鼠标点击则会出现该年的发表文献页面。滑动柱形图两端圆点也可以选择特定的时间区段。
3. 文献类型进行筛选。
4. 高级搜索设置“Advanced”，增加其他关键词实现精确搜索。
5. 邮件接收功能“Create alert”，通过邮件注册订阅相关主题，可以接收到最新的相关发表文章。温馨提示这里的主题越准确越好。
6. 文献部分直接介绍了标题、作者、摘要等信息，点击Cite会出现引用格式的弹窗，在文献引用的时候这个功能就能派上用场。
7. 点击打开文献，可以了解以下信息：标题&作者、摘要、利益冲突声明、数据、类似文章、被引用、参考文献、文章类型、相关信息、更多资源。右上角提供期刊链接和PMC全文下载链接。
在这里也给大家介绍一款插件
Scholarscope（https://www./）。
·它能自动加载 PubMed 期刊的影响因子、分区，帮助用户筛选有用的期刊；
·添加文献下载链接，在校外也能一键下载文献（基于Sci-Hub）。
设置后还可以显示文章被引用次数。
美中不足，该插件目前需要收费。
http://scholar.google.com谷歌学术是由谷歌推出的文献搜索引擎，主要是提供维普资讯、万方数据等几个学术文献资源库的检索服务。谷歌学术与另外两个数据库的不同之处在于它可以针对全文内容进行搜索，而不仅仅只是标题摘要。这提高了搜索结果的全面性和相关性。
国内有限制、不能使用谷歌的小伙伴，可以使用Google学术镜像。
还是以p53为例，搜索结果如下图：
1. 搜索相关结果数量。
2. 通过时间、相关性、语言、类型可进一步进行筛选。其中相关度越高显示页面越前面，这一排序是根据每篇文章的全文内容、作者、期刊、被引用次数、用户的点击习惯等进行计算而得出的结果。
3. “引用”功能里有常见的引用格式可以直接使用。“EndNote”可以将该文献导入EndNote软件进行文献管理和引用。
4. “创建快讯”功能主要作用是推送最新的相关文献。不管是基因蛋白、相关领域，还是学术大牛等关键词都可以创建，系统检测到该关键词的文章就会自动将文章题目发送到所填的邮箱里，实现信息快捷追踪。
http://pubcrawler.gen./
PubCrawler是基于PubMed和GenBank数据库的搜索引擎。用户可以设置关键词、期刊名称等，通过邮件接收符合检索条件的最新资讯。
设置关键词TDP-43和其基因名称TARDBP，创建后就能够接收到PubMed最新收录的TDP-43的文献以及GenBank上收录的TARDBP最新序列信息。
Web of Science是一个覆盖多学科、权威的文献检索数据库。它具有强大的引文追踪、论文期刊评价、学科分类等功能，并且与Endnote、Publons、Kopernio等学术工具相互扩展。但是它需要付费购买才能使用，这里就不展开介绍了。
这类型数据库提供基因序列、常见突变等信息的检索，研究遗传学、基因组学、基因测序这方面的小伙伴肯定是需要经常使用的。
https://www.ncbi.nlm./genbank/GenBank是NIH基因序列数据库，是所有公开可用 DNA 序列的注释集合。它收录的内容一部分来源于科研工作者或测序相关人员提交的序列，另一部分来源于大型测序计划。
GenBank、日本DNA数据库(DDBJ)和欧洲核苷酸序列数据集(ENA)三者共同构成国际核酸序列数据库合作联盟(INSDC)，强强联手，这也确保了数据的丰富性和及时性。
GenBank的数据使用除了在NCBI的Nucleotide页面进行搜索，也可以在BLAST页面对某段已有的序列进行数据比对。这里各举一个例子作为示范。
1. 在NCBI的Nucleotide页面搜索TP53，点击搜索后出现基因名称、长度、类别、Accesion和GI号等。（gene和orgn都是限定搜索类型，使得检索结果更精确。）
点开序列，可得到该序列的详细信息。
点击FASTA，打开核酸序列页面，可以进行复制序列、直接BLAST、设计引物等功能。
“Graphics”以图形化展示该序列的二级结构。
2. 在NCBI的blast页面进入，选择Nucleotide BLAST（Protein BLAST是氨基酸序列比对）。输入待搜索序列，填写其他内容后进行BLAST。
UCSC数据库由美国加州大学圣克鲁兹分校（UCSC）开发和维护，主要包含了人、小鼠、果蝇等多种常见动物的基因组信息，也包括了一系列的分析工具，帮助浏览基因信息、查看基因组注释信息和下载基因序列等。
UCSC 数据库提供了可视化工具Genome Browser去浏览基因组信息，对于浏览特定的感兴趣的区域是很有用的。可以针对自己的需要选择合适的类型进行分析。
以p53为例，简单介绍Genome Browser的使用方法：
从导航页的工具栏“Our tools”，选择Genome Browser进入。
页面左侧为常见物种，默认是human。右侧检索栏可输入基因位置、名称进行检索。我们以p53作为示例。
UCSC基因显示面板是以染色体的起始和终止位点为显示范围，可通过以下方式进行调整。
· move：左右偏移；zoom in：缩小区间范围；zoom out：扩大区间范围。
·页面的不同轨道(track)代表不同的数据库，点击可以了解更多详细信息。
·下方控制面板可以自定义track内容，根据自己的需求选择合适的展现方式来查看相关的信息。展现方式有5种，分别是：hide（隐藏），dense（密集），squish（压扁），pack（合理展示），full（充满）。
Ensembl是一个脊椎动物基因组数据库，由欧洲生物信息研究院（EBI）和英国桑格研究所合作开发，支持比较基因组学、进化、序列变异和转录调节的研究。
以TP53为例。
· 左侧工具栏可对搜索结果进行类别和种属的限定。
· 右侧为搜索结果
点击第一条搜索结果TP53(Human Gene)。
· 该页面包含名称、染色体位置、转录本量。
· 左侧工具栏点击sequence，页面将提供链接到其他数据库，比如NCBI和Uniprot。
Ensembl的目录栏还有很多其他功能，有兴趣的小伙伴可以在上面多花点时间摸索。
以上介绍了4个文献检索与追踪的数据库
3个核酸序列数据库
