专题|跟猴哥一起学高级Meta——SNP系列（一）

大家好，我是猴哥O(∩_∩)O~

在逍遥君（跟老司机一起学Meta(二））介绍了那么多的普通Meta分析基础知识后，终于轮到我出场了......

等了好久终于等到今天......我们一起来写一篇高级Meta^_^

写文章嘛，总要有人带带吧。如果大伙不嫌弃，在这里，我用一盏茶的时间，一百个步骤，教会大家如何做一篇高级meta。

话说八年前，那是一个秋天，我在浙大肿瘤所做实验，学会了matlab中

的支持向量机和人工神经网络。就在这个神奇的浙大，他们用一天的时间帮我处理好了海量的data。

 

今天应学术咖的邀请，我用一盏茶的时间为大家演示和分享一下我的高级Meta分析方法学—SNP Meta，也就是基因多态性的Meta分析。

按总-分-总进行分步讲解，由表及里，由浅入深，由数据到程序，由视频到图表。先给大家来一段视频演示，大家觉得好就拍手，不好就拍砖。拍得越重，说明越是真感情。

   

第一步

Meta初体验，“我就看看，我不说话”，

大家先请看视频，熟悉一下猴哥是如何做哒！

怎么样，操作如此简单，自己有木有也想来一篇？

   

第二步

下面我们正式开始啦!先让我发泄一下我对Meta的感情！

我爱你，meta

我只能用一句，包含我真诚意，用心去吟地诗，哀求你！

请姑娘你听一听，听完我这一句，希望你会，不嫌弃！

其实我，哦，这一句，这一句，这一句，这一句词是只有三个，字全部只有三个，

一，二，三，哦......

我爱你 

IloveyouloveyouloveyouloveyouloveyouloveyouIloveyou”

对于meta分析，地球人都知道。文章短平快，毕业晋升法宝。大仙喜欢，屌丝热爱，泡妞和转博之利器，居家必备之良药。我们越过PCR，穿过western，跨过奔腾的“组织细胞”，宽广美丽的meta正等着你 。 。 。。。。

第三步

找个好老师

 

话说“师傅领进门，修行在个人”。如果有老师指点一下，或者和老师结伴而行做meta，一定会事半功倍。老师指点选题，老师指点检索，老师指点资料提取表，老师指点质量评价。。。带着做一篇，就全都会了啊。。。

基因多态性（SNP）的Meta分析是最简单的meta分析。哪里简单了，“猴哥”，别瞎说。。。

第四步

   

   SNP Meta分析最最最基础知识

• 什么是SNP？

基因多态性是指在一个生物群体中，同时或经常存在两种或多种不连续的变异型或基因型或等位基因，包括DNA片段长度多态性、DNA重复序列多态性、单核苷酸多态性三类。单核苷酸多态性（single-nucleotide polymorphism，SNP）是最常见的一种，为散在的单个碱基的不同，包括单个碱基的插入、缺失以及置换，在患某疾病的人群中，出现一个频率较高的某等位基因或基因型SNP，则意味着此疾病的患病风险可能会增加。DNA中出现了叛徒，叛变了革命（置换），或换上了伪装，深入到敌后（插入），又或者是被敌人发现后杀害了（缺失），你这个叛徒。

 

• SNP Meta分析能干些啥？
  

什么都能干。SNP可以是某个疾病的病因、危险因素，也可以做为肿瘤标记物、生物标记物诊断某疾病，也可以评估治疗效果，判断某个药物的不良反应，也可以判断某肿瘤的生存和预后。基本上，病因、诊断、治疗、预后四项全能冠军，所以写的人超多，不行，你看(看不清？点开看大图啦)。

基因多态性检索式

Meta分析检索式

 

 

第五步

   

选个基因检索

• 以肿瘤学专业目前最最最火热的基因PD-1为例进行讲解，先走两步，走，走起。。。选个基因检索检索

点链接也可以哦   http://www.ncbi.nlm./snp/?term=pd-1

• PD-1的位点和真名，突变位点

• PD-1真名是PDCD1，它的小名呢？--在gene里面找哦

以上就是前五步，选择基因，一定要根据自己的专业来选择哦，这样才能事半功倍。如果不会选择的话，那也好办，就像“超级女声”一样进行海选哦。

如何海选呢，请看下期。

 

作者简介：猴哥，讲师，副主任医师，武汉大学肿瘤学博士，专注于胃肠道分子生物学机制，系统评价/Meta分析，数据挖据，临床统计研究， Freescience联盟（微信ID:freescienceunion）联合创始人之一。