（资源帖）S5E32 :lncRNA常用数据库大盘点(下)

今天我们承接lncRNA常用数据库大盘点(上)和(中)篇，接续盘点lncRNA的常用数据库。

1. lnCaNet：http://lncanet./index.html

LncRNA-Cancer Gene Co-Expression network

lncRNA与肿瘤基因共表达网络network

可以根据肿瘤基因检索在肿瘤中共表达的lncRNA，

检索P53

在不同肿瘤样本中与P53表达相关的lncRNA：

2. LncReg: http://bioinformatics.ustc.edu.cn/lncreg/

a reference resource for lncRNA-associated regulatory networks.

比如检索lincRNA-P21调控相关分子：

内容包括了物种、调控水平（转录和转录后）、上调和下调、实验方法以及参考文献。

3. Co-LncRNA：http://www./Co-LncRNA/

investigating the lncRNA combinatorial effects in GO annotations and KEGG pathways based on human RNA-Seq data.

数据库基于108个GEO来源的数据库以及133个TCGA数据库进行分析。

不仅可以选择这108个GEO数据和133个TCGA数据和lncRNA进行分析

比如分析肺癌样本中与lncRNA MALAT1（ENSG00000251562）表达相关的基因：

点开表达模式

还可以分析你的数据：

相当强大。

4. lncACTdb：LncRNA-associated Competing Triplets Database

http://www./LncACTdb/

可以查询lncRNA-miRNA-Gene这一调控关系（比如用于ceRNA相关研究）

以lncRNA NEAT1为例，找到microRNA和BCL2，CASP8等基因。

还可以进一步对这些基因的功能进行分析，以了解lncRNA NEAT1对应的信号通路：

以及通路中对应的分子

或者GO条目

5.LncRNAWiki: http://lncrna./index.php/Main_Page

harnessing community knowledge in collaborative curation of human long non-coding RNAs. lncRNA的维基百科社区

6. SNP@lincTFBS:http://210.46.85.180:8080/SNP_linc_tfbs/

an integrated database of polymorphisms in human LincRNA transcription factor binding sites.可检索lncRNA、转录因子结合位点和SNP。

可以直接通过lncRNA进行检索

找到四个转录因子和1个SNP位点，这个数据库可以与lncRNASNP结合使用，

发表文章或者设计课题参考模板：（策略篇）S4E20：一篇22分的NG教你如何设计课题。

7. lncRNome:http://genome.igib./lncRNome/

a comprehensive knowledgebase of human long noncoding RNAs.

以UCA1为例

找到以下信息：

包括组蛋白修饰、lncRNA与蛋白的作用、SNP等信息:

组蛋白甲基化修饰信息

SNP信息

That’s all. Thank you!

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