【原】RNALocate：非编码RNA亚细胞定位检索工具

智汇基因 2021-02-18

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导语

亚细胞定位是指某种蛋白或表达产物在细胞内的具体存在部位，例如在核内、胞质内或者细胞膜上存在。越来越多的证据显示，在生物学过程中位于不同的亚细胞器RNA拥有不同的功能，亚细胞定位有利于更深入地了解RNA的生物功能。RNALocate则是提供一个RNA亚细胞定位的高效的处理、浏览和分析的资源库。当前版本的RNALocate记录了超过190,000个与RNA相关的亚细胞定位条目，并提供了实验和预测证据，涉及65种物种中超过105,000个具有44个亚细胞定位的RNA，主要包括智人，小家鼠和酿酒酵母等。超过21800条RNA（9种RNA类型，包括mRNA, miRNA, lncRNA等等）和42种亚细胞定位（主要包括细胞核、细胞质、内质网和核糖体等）。

RNALocate将有助于阐明RNA相关的亚细胞定位的整体轮廓以及开发新的预测方法。亚细胞定位的名称主要是根据GO数据库定义。本文将所有PubMed数据库资源进行相关的检索并人工进行核对。而且，研究人员还检索了lncRNAdb , PomBase , FlyBase , TAIR和DOT数据库。

RNALocate

http://www./rnalocate

RNALocate主页

一起来看看怎么使用吧~

01 Keyword Search

RNALocate提供了一个方便检索所有RNA亚细胞定位的接口。用户可以通过“搜索”页面中的“关键字搜索”获得每个条目。在“关键字搜索”中，提供了5种检索途径：包括“ RNA符号、RNA类别、有机体、亚细胞定位和其他ID（Entrez ID或miRBase ID）。例如miRNA：hsa-let-7b-3p要输入正确的关键字选择合适的数据集，同时网站也支持模糊搜索。

检索后展现内容如下，点击detail会以表格的形式提供了搜索结果的简要信息，包括 RNA符号、RNA类别、有机体、组织、亚细胞定位以及其他亚细胞定位。更详细的描述（例如PubMed ID）通过选择“更多”可在“详细信息”页面中显示参考文献和参考说明。

如图所示，RNALocate拥有的唯一ID,RLID格式s是RLID +八个序号。RNA符号来自文献，然后根据NCBI，Ensemble和miRBase进行归一化。这里展现Datail的亚细胞定位在组织等离子中，用Next-generation sequencing进行验证，检测到的miRNA定义为每百万个可映射miRNA读数中至少具有一个序列的miRNA。在14个文库中共检测到593个已知的miRNA，在每个单独的文库中，可检测的已知miRNA数量从380到474不等，平均为419 个。详细内容可以PMID23663360上看到。其他亚细胞定位指的是与此RNA相关的另一个亚细胞定位条目。

02 BROWSE

在“BROWSE”页面中，可通过三种不同的方法访问RNALocate：分别是By Localization、By Organism、By RNA Category。

①对于“通By Localization”，根据基因本体论中策划的细胞成分注释，已经构建了树状视图以显示RNA亚细胞定位的层次关系。我们可以通过单击左侧树视图或右侧单元图中的名称来浏览数据库。当然，这个细胞不属于任何生物，只是显示了一些具有特定结构的众所周知的亚细胞定位。

②对于“By Organism”，用户可以通过单击右侧系统发生树上的生物徽标或单击左侧树视图上的名称来浏览数据库。

③对于“By RNA Category”，RNALocate中有9个RNA类别：csRNA（叶绿体RNA），mRNA，miRNA，piRNA，rRNA，snRNA，snoRNA，lncRNA和tRNA。通过单击左侧树视图或右侧图中的名称，用户可以获得与它们相关联的每个条目。

三种方式点击后呈现的内容划分基本一致，都会展示分类属于的内容，Organism、Tissue、Subcellular Localization、Detail，点击Detail和Search模块得到的内容一致，这样也可以得到这个基因目前研究定位的具体结果了。如果有结果的话，数据库会把相关的句子列出来，来证明其文章挖掘的正确性。同时如果这个定位结果来自于数据库，也会把数据库的信息列出来。