miRNA靶基因预测数据库TargetScan使用教程

哺乳动物中的miRNA通过结合转录本序列的3’UTR区，从而发挥转录后调控作用。TargetScan是一个专门分析哺乳动物miRNA靶基因的软件，并且根据已有的分析结果整理成了数据库，网址:http://www./vert_72/

micRNA介绍

micRNA是（mRNA-interfering complementary RNA）的缩写，能与被调控的RNA或DNA互补的小分子。mRNA干扰性互补RNA，又称反义RNA，通过碱基的互补配对与目标mRNA或DNA形成双链复合物，影响RNA的修饰、翻译、转录等过程，封闭或抑制基因的正常表达 。

当主变量是 miRNA， 其靶基因因变量应该是一个 RNA， 可以是编码蛋白的 mRNA 的 3’ UTR， 也可以是另外一个非编码RNA（lncRNA 或 circRNA 都可以）

一条 miRNA可以同时结合多个靶基因， 反之这些被结合的靶基因也可以一条 RNA 结合多个 miRNA， 形成一个网络状的调控关系。当一个 miRNA 同时结合 2 个靶基因的时候， 这两个靶基因是存在一种竞争关系的， 因为同一时间与 miRNA 配对的只能是一条， 有你没我， 这样的调控模式叫竞争性内源 RNA。 英文术语 competitive endogenous RNA / competing endogenous RNA，意思一样， 缩写 ceRNA。 ceRNA 不是一种分子类型， 它是一套机制模式。

另外当主变量是 lncRNA 或者 circRNA 的时候， 因变量反过来也可以是miRNA， 所以 RNA 结合 RNA 主要就是非编码 RNA 在唱戏。

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TargetScan数据库使用

根据不同的代表物种，分成以下几个子数据库

1. TargetScanHuman
2. TargetScanMouse
3. TargetScanFly
4. TargetScanWorm
5. TargetScanFish

下面我们开始介绍该数据库的使用！！！

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除了TargetScan数据库以外，miRNA靶基因预测数据库还有miRWalk, miRMap, MicroT4, miRNAMap, TargetScan PICTAR2, miRBridge, PITA, miRanda, RNAhybrid, miRDB, RNA22，其实，我们只需要掌握一两个也就可以了，想学习的同学，扫码关注，后续更新！