在医学基础科研中,与涵盖临床、动物、细胞和分子四个层面的功能机制研究相比,分子标志物(biomarker)的研究独成体系,通常以体液等临床样本为主要实验材料,检测方式和实验设计的思路都相对简单,与国外相比,样本数量咱们有先天优势,因此相对来说,以分子标志物为主题的研究门槛较低。而外泌体的特点又非常适合做biomarker的研究,我们今天首先从基金和文章两方面来看外泌体作为分子标志物的研究情况,然后总结分子标志物研究的套路。 从基金来看,我们一共检索到8项:
比较来看,中标基金的数量还是蛮少的,从疾病来看,肿瘤的诊断和预后标志物占了绝大多数,样本来源主要是尿液和血清,分子主要是microRNA。
文章1 microRNA: Circulating let-7 levels in plasma and extracellular vesicles correlate with hepatic fibrosis progression in chronic hepatitis C.Hepatology(IF 11). 2016 May 26. doi: 10.1002/hep.28660. [Epub ahead of print] 这篇文章是刚刚发表在Hepatology上的,研究的是血浆和外泌体中的microRNA let-7与慢性丙肝病人肝纤维化进展的关系。
这篇文章的芯片数据存储在NCBI的GEO数据库中:GSE74872。
这篇文章研究的是乳腺癌细胞外泌体中的27OHC(27-hydroxycholesterol,27羟基胆固醇)及其合成酶CYP27A1的丰度,以及对ER+/-细胞株和非肿瘤细胞株的区分效果。文章首先通过Cap LC-MS的方式对外泌体中的氧化胆固醇进行定量检测,并发现与MDA-MB-231相比,27-OHC在ER+的乳腺癌细胞株MCF-7中显著富集,而其合成酶CYP27A1表达也表现出显著正相关。文章3 蛋白质.:Plasma-derived extracellular vesicles contain predictive biomarkers and potential therapeutic targets for myocardial ischemic injury. Mol Cell Proteomics(IF 6.5). 2016 May 27. pii: mcp.M115.055731. 这篇文章研究是血浆外泌体中的蛋白作为心肌缺血损伤诊断的biomarker。作者选取了15例心梗(MI)病人和20例非梗死心绞痛病人(NMI)作为实验组和对照组,提取囊泡后进行鉴定,然后通过非标LC-MS定量蛋白质组学的方式对其中的蛋白进行鉴定和定量,结果发现了差异表达的252个囊泡蛋白,在经过ELISA验证后,选取了6个上调表达蛋白进行病理相关性分析;然后又通过独立的一组43个病人对这6个蛋白的表达进行验证和分析。
这个数据库收录的是蛋白质组学的有关数据,以后可以请依凡为大家介绍如何从Proteome Xchange、NCBI GEO、SRA等数据库中下载和分析,以帮助我们进行课题研究,甚至直接发表文章。 Proteome Xchange 数据库 网址:http://proteomecentral./cgi/GetDataset NCBI GEO数据库 网址:https://www.ncbi.nlm./geo/ NCBI SRA数据库 网址:http://www.ncbi.nlm./sra/ 最后我们总结一下Biomarker研究的思路:
好了,今天就到这里了,明天我们分享一篇Nature:Glypican-1 identifies cancer exosomes and detects early pancreatic cancer.Nature. 2015 Jul 9;523(7559):177-82. doi: 10.1038/nature14581. Epub 2015 Jun 24.,关于biomarker研究的其它文章,如果大家感兴趣可以下载:链接: http://pan.baidu.com/s/1eSoFzDS 密码: cmfd 最后,祝大家永葆青春,永葆童心,儿童节快乐! That’s all. Thank you!
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