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之前在《ESPript：美得令人心动的序列显示工具》一文中给大家介绍了一款好用的在线蛋白序列显示工具，可以在显示蛋白序列的同时显示蛋白二级结构。如果是核酸序列或没有能用的二级结构文件怎么办呢？今天给大家介绍一下如何用DNAMAN软件导出序列比对图片。 1 序列的加载与比对 DNAMAN可以用来进行核酸和蛋白的多序列比对，为了方便比较，本文所用于比对的序列与《ESPript：美得令人心动的序列显示工具》相同。 首先，把要参与比对的序列加载到不同通道中。本文一次性把上次的“lala.aln”文件中的多条序列加载到多个通道中，方法见下图（当然，你也可以将单个序列文件逐一加载到通道中）。注意，打开文件的格式要改为“All Files”，点“否”载入的是蛋白序列。
接下来对导入的序列进行多序列比对，方法见下图，参数全部保持默认，点“下一步”就可以。
比对后的最终结果见下图：
2 着色调整 接下来，对每行序列显示的“字母”个数和着色方案进行自定义。点击Options，进入调整面板，在Preferences下对每行序列显示的“字母”数进行调整（下图粉色线框），也可以更改字体。本文保持默认，每行显示40个氨基酸残基。
在Shading homology下，依据序列相似性水平为序列着色，点击“色块”即可进入自定义颜色窗口，这里我选了类似ESPript的比较鲜艳明快的颜色，当然大家也可以添加使用自己喜欢的颜色，如下图。
3 图片的导出 更改着色之后，就可以导出图片了。图片的导出方法有两种，见下图，但DNAMAN只能导出emf格式的矢量图。
关于emf格式，在《关于图表保存方法的独门秘笈》一文中已做专门的介绍，emf格式可以在Word和PPT直接使用。下面是DNAMAN导出的序列图片在PPT中（裁剪后）的显示效果：
小结 DNAMAN可以用来核酸和蛋白序列比对后的显示，虽然显示效果不太好看，但通过更改字体和配色，也可以输出高质量的序列图片。这里补充下，在《关于图表保存方法的独门秘笈》也提到了用Powerpoint（PPT）进行emf图片的格式转换，但是PPT另存的JPG格式的图片质量不好，建议把整页幻灯片另存为PDF。illustrator（AI）和Inkscape可以打开编辑emf图片，就本次的图而言，效果不太好
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