我这段序列到底是不是新的circRNA？

        隔壁实验室的师妹隔三差五就拿着一段序列过来，“师兄你帮我看看嘛，我这段序列在circBase没找到，是不是个新的circRNA啊？”，“这个嘛，大师兄句月山人肯定讲得比我好，我们一起去找他吧”（不敢说其实是我不会查）。

        这么来来回回几次，我终于学会了，今天正好师妹又过来，我也可以大（kai）显（shi）身（zhuang）手（bi）了。

        师妹我们来看看你的序列，嗯，也不长嘛，那我们先去UCSC逛一下。

 

>novel_circRNA_00129|306bp

GTGCCTACTCCCTGTCCATCCGGGACTGGGATCAGACCAGAGGCGATCATGTGAAGCATTACAAGATCCGCAAACTGGACATGGGCGGCTACTACATCACCACACGGGTTCAGTTCAACTCGGTGCAGGAGCTGGTGCAGCACTACATGGAGGTGAATGACGGGCTGTGCAACCTGCTCATCGCGCCCTGCACCATCATGAAGCCGCAGACGCTGGGCCTGGCCAAGGACGCCTGGGAGATCAGCCGCAGCTCCATCACGCTGGAGCGCCGGCTGGGCACCGGCTGCTTCGGGGATGTGTGGCTGG

 

        对，打开UCSC后先选择Tools下的Blat哦，点进去。

 

        接下来就是BLAT Search了，选好物种Human，基因组版本记得选GRCh37/hg19哦，等下告诉你为什么。然后把你的序列粘贴进去，点击submit。

        在BLAT Search Results我们看到有三行，第一行是100% IDENTITY，那我们点details进去看看。

        你看，这就是你的序列在GRCh37/hg19上的位置，把这个复制下来，等会儿有用的呢。

        顺便看一下你的序列在基因组上的Alignment，由两个外显子组成，前后正好是AG和GT，符合剪切规律呢，如果不是的话就要考虑特殊情况或者序列不对的可能了。

        好的，我们刚才复制了你序列的位置，接下来我们去circBase逛一下。

        我们要先从circBase里链接进入UCSC Genome Browser，你看这里默认基因组版本是GRCh37/hg19哦，所以前面BLAT Search的时候要选同样的版本，不同的版本序列对应位置可是不一样的。接着在框里输入我们刚才复制的基因组位置，然后点击go。

        我们看到这个位置正好有一个circRNA，也是两个外显子，那我们记一下ID号，去circBase里查一下吧。

        你看查找结果，这个基因剪切长度是306bp，和你的序列一致，我们点fasta可以下载序列哦。

        接着circRNA sequence要选spliced哦，然后点击Search。

        这样我们就下载到hsa_circ_0011078的序列了。

>hsa_circ_0011078|NM_001042747|FGR

GTGCCTACTCCCTGTCCATCCGGGACTGGGATCAGACCAGAGGCGATCATGTGAAGCATTACAAGATCCGCAAACTGGACATGGGCGGCTACTACATCACCACACGGGTTCAGTTCAACTCGGTGCAGGAGCTGGTGCAGCACTACATGGAGGTGAATGACGGGCTGTGCAACCTGCTCATCGCGCCCTGCACCATCATGAAGCCGCAGACGCTGGGCCTGGCCAAGGACGCCTGGGAGATCAGCCGCAGCTCCATCACGCTGGAGCGCCGGCTGGGCACCGGCTGCTTCGGGGATGTGTGGCTGG

        接着我们去对比一下你的序列novel_circRNA_00129和hsa_circ_0011078是不是一样的。

        对比结果显示100% Match，所以你的序列novel_circRNA_00129就是circBase收录的hsa_circ_0011078，不是一个新的circRNA哦。

        

        其实我们还有另外几种方法来查找和比对，今天就先讲这一个吧，你会查了吗？

        “师兄，谢谢你哦，我学会了，不过下次查序列我还会来找你的，”看着师妹微低头道谢，我一激动都忘了刚才讲得口干舌燥的难受。

        “师兄，拜拜哦~”

        “嗯拜拜，师妹，下次有问题再来找我啊！”