你不能不知道的2个CircRNA研究在线工具！

环状RNA（circRNA）是一类具有闭合环状结构的非编码RNA,近年来circRNA研究持续升温，Nature、Cell等重量级文章接连推出，你是不是也在蠢蠢欲动，但又因不知从何入手而着急呢？今天我就给大家介绍2个circRNA研究的实用小工具，让你轻轻松松开始circRNA课题。

首先，从circBase开始

1、选择感兴趣的circRNA

1）打开circBase网站（http:///），在搜索框中输入兴趣基因名称，这里以“HIPK3”基因为例进行演示，点击“search”按钮；

2）查看搜索结果，HIPK3基因序列对应只有多个circRNA,其中hsa_circ_0000284在多种细胞/组织皆有表达，且表达丰度高，选择hsa_circ_0000284进行后续研究；

接着，进入CircInteractome

2、获取circRNA序列

1）打开CircInteractome网站主页（http://circinteractome.nia./），点击左边“Circular RNA”按钮，在右边搜索框中输入“hsa_circ_0000284”，点击“Circular RNA Search”按钮。

2）搜索结果见下图，可见hsa_circ_0000284的相关信息，这些信息与circBase上的信息一致，点击右下方“Mature Seq”旁的ID号。

3）直接就能得到hsa_circ_0000284的全长序列，共1099bp，是不是很简单啊！

3、引物设计：

要进行circRNA研究，首先需要设计引物验证其存在及其在所研究的疾病模型中的表达变化，而因为circRNA闭合环状的特点，即使对有经验的研究者也是一个不小的难题，但是现在这个难题可以被轻松解决了。

1）在CircInteractome网站主页，点击左边“Divergent Primers”按钮，在右边搜索框中输入“hsa_circ_0000284”，点击“Divergent Primers Search”按钮。

2）右侧将会显示hsa_circ_0000284 junction 位点两侧各100bp左右的序列，注意这里序列方向是“3' End - 5' End ”，点击“Primer3”或“NCBI Primer Design”按钮都能进行设计。这里以Primer3为例。

3）页面跳转到Primer3网站，点击“Pick Primers”按钮。

4）引物设计结果如下：

4、SiRNA设计：

circRNA siRNA设计的一个特点是需要选择性knockdown circRNA而不对相应的线性基因造成影响，围绕junction位点两侧5-16nt序列，CircInteractome能提供21-ntsiRNA设计服务。

1）在CircInteractome网站主页，点击左边“siRNA Design”按钮，在右边搜索框中输入“hsa_circ_0000284”，点击“siRNA Search”按钮。

2）siRNA设计结果如下，CircInteractome将会提供10个候选siRNA片段；

3）进一步根据siRNA评分标准选择合适的siRNA片段，评分标准包括G/C含量30-60%，最后一个碱基为A/U等。

5、miRNA Target：

circRNA已报道的最主要的功能就是miRNA海绵（sponge），例如文献报道ciRS-7包含70多个选择性保守miR-7靶位点，充当了miR-7“海绵”，强烈地抑制miR-7活性。那么怎么寻找circRNA的miRNA target呢？

1）在CircInteractome网站主页，点击左边“miRNA Target Sites”按钮，在右边搜索框中输入“hsa_circ_0000284”，点击“miRNA Target Search”按钮。

2）hsa_circ_0000284的miRNA target预测结果见下表：

6、lnteracting RBPs：

circRNA可能在形成蛋白功能复合物、RNA结合蛋白富集、竞争性剪切等方面起重要作用，此外RBP蛋白可能结合circRNA junction和Flanking序列，对circRNA的剪切、加工、折叠、稳定、定位等发挥作用，如2015年cell报道QKI蛋白能结合circRNA侧翼序列促进circRNA形成。

1）

在CircInteractome网站主页，点击左边“Circular RNA”按钮，在右边搜索框中输入“hsa_circ_0000284”，点击“Circular RNA Search”按钮。

2）右侧下方即会显示circRNA junction和Flanking序列可能结合的RBP蛋白。

3）CircInteractome还能预测circRNA序列上的RBP结合位点，分析circRNA作为RBP蛋白‘sponge’ 或 ‘decoy’的可能性。在CircInteractome网站主页，点击左边“RBP on CircRNA”按钮，在右边Step2搜索框中输入“hsa_circ_0000284”，点击“RNA-bingding Protein Search”按钮即可。

7、circRNA翻译蛋白质或多肽

lncRNA会翻译蛋白/多肽已经不是新闻，但circRNA翻译多肽尚未有报道，CircInteractome能通过分析circRNA上的IRES（内部核糖体进入）序列，预测circRNA翻译蛋白的可能性。不过很可惜，该网站目前暂不提供该服务，我们期待CircInteractome的进一步升级完善。

参考文献

1.Glažar P1, Papavasileiou P1, Rajewsky N2. circBase: a database for circular RNAs. RNA. 2014 Nov;20(11):1666-70. doi: 10.1261/rna.043687.113. Epub 2014 Sep 18. 

2.Dudekula DB1, Panda AC1, Grammatikakis I1, De S1, Abdelmohsen K1, Gorospe M1. CircInteractome: A web tool for exploring circular RNAs and their interacting proteins and microRNAs. RNA Biol. 2016 Jan 2;13(1):34-42. doi: 10.1080/15476286.2015.1128065.