| 共 381 篇文章 |
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出于无聊，我给你们分析了一下去年灌的生信文章。据说现在发单篇蚊帐经费超过两万可能就要开会讨论了，那估计你们以后实验都做不下地了，只能做做生信蚊帐过日子了……于是，出于无聊，给你们分析了一下去年国内发过的生信蚊帐。一年内，拢共发了一万四千多篇生信蚊帐……发文量最多的，也就是分最低的Mol Med Rep，几乎是每个工作日都会发一篇... 阅710 转10 评0 公众公开 20-02-28 09:27 |
#Scaling the dataall.genes <- rownames(pbmc)pbmc <- ScaleData(pbmc, features = all.genes)#Perform linear dimensional reductionpbmc <- RunPCA(pbmc, features = VariableFeatures(object = pbmc))# Examine and visualize PCA results a few different waysprint(pbmc[[''''''''pca''... 阅6925 转53 评0 公众公开 20-02-28 07:56 |
中国大学MOOC的生物信息学之山东大学。但是我们的重点是讨论一下新时代的生物信息学课程设置，不应该是这样的泛泛而谈的生物信息学认知课。今天我们推荐的是山东大学的生物信息学课程（是中国大学MOOC的3大生物信息学公开课里面内容最多，参与人数最多，好评最多的！）2.6 二级核酸数据库第二章：生物数据库（第二部分）2.7 一级蛋白质序列数据... 阅254 转2 评0 公众公开 20-02-17 23:09 |
# 通常要求序列名字行简单为好，而且一般加chr作为开头# 给第一行添加chr标签，并去掉其他多余信息# 下面的写法复杂了些，是为了避免给已经有chr信息的名字再加一次# 帮助无脑操作sed ''''''''s/^>\([^chr]\)/>chr\1/'''''''' Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assemb... 阅365 转3 评0 公众公开 20-02-16 10:47 |
科研不仅仅是逻辑思考的产物，而是逻辑思考和非逻辑思考有机结合的产物。刚从讲的那篇蚊帐，就是所谓的非逻辑思考的产物，就是由疾病这个点，推及到差异基因，再推及到互相的调控关系。中其实也是一般科研思路的一种，但要注意，这只是一般科研思路的一个开始，并不代表你发散出来这么多就一定是对的。如果，一个人只懂得逻辑思考，不懂得非逻... 阅172 转8 评0 公众公开 20-02-16 10:44 |
我们按照年接收量＞10篇的标准对杂志（>3.4分）统计，如果按照接收数量排序，J Cell Biochem（3.4分）、J Cell Physiol（4.5分）、Front Oncol（4.13分）、Sci Rep（4.011）、Front Genet（3.517分）、Cancers(Basel)（6.16分），如下：Int J Mol Sci.J Cell Mol Med.Mol Cancer Res.Differentially expressed autophagy-related genes are ... 阅818 转19 评0 公众公开 20-02-14 03:51 |
然后利用GEPIA对以上差异表达的lncRNA进行生存分析的研究，找到影响STAD生存的lncRNA，进行OS和DFS生存分析曲线绘制；对两个lncRNA与幽门螺杆菌感染相关的靶基因取交集，作相关分析，确认出CDK6、CDK4、E2F3、CDC25A这4个基因并利用GEPIA研究其在TCGA-STAD中肿瘤和正常组的表达差异；文章研究TCGA-STAD从lncRNA入手，找到对应靶向miRNA和靶基因... 阅423 转10 评0 公众公开 20-02-14 03:48 |
mkdir -p /data/reference/gtf/pig/ && cd /data/reference/gtf/pig/wget -c ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-99/gtf/sus_scrofa/Sus_scrofa.Sscrofa11.1.dna.toplevel.fa ./ln -s /data/reference/gtf/pig/pig.genome.* ./hisat2-build -p 4 pig.genome.fa --ss pig.genome.ss --exon pig.genome.exon pighisat2-build -p 2 pig.ge... 阅1277 转7 评0 公众公开 20-02-11 12:41 |
3．异常调控的受CNV驱动的ceRNA-ceRNA网络的识别作者开发了一种计算方法来识别异常调控的受CNV驱动的ceRNA-ceRNA相互作用，它包括以下步骤：（1）在每个拷贝数状态下获得ceRNA–ceRNA相互作用。作者假设由CNV引起的异常调控将影响每个候选ceRNA三元组中ceRNA相互作用之间的相关性。通过观察GBM的ceRNA网络，作者发现大多数ceRNA相互作用是由于C... 阅319 转3 评0 公众公开 20-02-05 09:58 |
在多个物种中比较短序列RNA-seq的组装工具。快速、省资源的长读长基因组组装软件 Peregrine — 100分钟内完成人类基因组组装。适用于长序列和短序列的新型RNA-seq比对工具。长序列测序和植物基因组从头组装的工具与策略。SnapATAC—单细胞表观基因组快速准确的聚类分析方法。植物近似基因组间基因错误注释情况分析。图谱基因组是未来基因组的趋... 阅494 转2 评0 公众公开 20-01-26 21:57 |
