circRNAs(Circular RNAs,环状RNA分子)是一类不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。circRNA是区别于传统线性RNA的一类新型RNA,具有闭合环状结构,大量存在于真核转录组中。 大部分的环状RNA 是由外显子序列构成,在不同的物种中具有保守性,同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。由于环状RNA对核酸酶不敏感,所以比线性RNA更为稳定,这使得环状RNA在作为新型临床诊断标记物的开发应用上具有明显优势。 汉恒circRNA环化系统,表达倍数高,100%成环 图1 circRNA常规研究思路 图2汉恒生物circRNA研究流程示意图 我们以hsa_circ_000244为例,来详细解读下cirRNA的系统研究方案。研究方向:前列腺癌。 通过功能富集分析将前列腺癌相关的基因筛选出来:
注:为了实验的严谨性,可加入PTEN 3’UTR区hsa-miR-301a-3p预测结合区域的突变体作为对照,进一步说明问题。 1、Circular RNAs:diversity of form and function. Lasda E, Parker R. RNA. 2014 Dec;20(12):1829-42. 2、Circular RNAs are alarge class of animal RNAs with regulatory potency. Memczak S, Jens M,Elefsinioti A, Torti F, Krueger J, Rybak A, Maier L, Mackowiak SD, GregersenLH, Munschauer M, Loewer A, Ziebold U, Landthaler M, Kocks C, le Noble F, RajewskyN. Nature. 2013 Mar21;495(7441):333-8. 3、Circular RNA profilingreveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiplemiRNAs. Zheng Q, Bao C, Guo W, Li S, Chen J, Chen B, Luo Y, Lyu D, Li Y, Shi G,Liang L, Gu J, He X, Huang S.NatCommun. 2016Apr 6;7:11215. 4、Circular RNA Related tothe Chondrocyte ECM Regulates MMP13 Expression by Functioning as a MiR-136'Sponge' in Human Cartilage Degradation. Liu Q, Zhang X, Hu X, Dai L, Fu X,Zhang J, Ao Y. Sci Rep. 2016 Mar2;6:22572. D |
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