GSEA是一款常用的生信分析软件, 最常使用的功能是帮助大家寻找某个基因可能参与的信号通路和生物学过程 在很多文章中,我们经常会看到下面这张图: 那么这张图是怎么做出来的? 图1: GSEA的全貌 图2: 表达数据表的格式 1、默认格式 2、 总的基因数目 3、总的样本量 (保存时在文本格式二进制下 输入 “文件名.gct” 注意要加双引号) 图3: 点击左侧load data 上传上述表达数据 图4: 点击 左侧 Run GSEA 1、点选 图3 上传的表达数据 图5: 点击图4中的2,选择所需要分析的生物学通路 图6: 点击图4中的3后,依次按顺序点选下图中的按钮,选择需要分析的基因 图7: 点击图4中的4,选择表达数据中芯片的来源 图8: 作为单个基因分析,一定要记得更改下图中方框中的选择项 图9: 依次点选查看下图中按钮 图10: 点击图9中的3,查看最终结果,如下图示: |
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来自: 田明17grajsnth > 《GSEA》