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准备好分析需要的文件，在GSEA官网下载分析软件（软件可以免费下载，需要配置java环境）就可以进行GSEA分析。
打开分析软件，第一步是载入数据，如下图所示，点击红箭头指向的1出的Load data会...
准备好分析需要的文件，在GSEA官网下载分析软件（软件可以免费下载，需要配置java环境）就可以进行GSEA分析。 打开分析软件，第一步是载入数据，如下图所示，点击红箭头指向的1出的Load data会出现右边的界面，从箭头2处点击载入要分析的数据，包括表达数据和表型数据，如果数据格式正确就会弹出箭头三处的框，提醒你数据载入成功，如果比的数据格式不符合软件的要求箭头三处也会显示数据载入失败及原因（可以通过错误原因修改数据）。
第二步设置参数；数据载入成功，点击Load data下面的Run GSEA，就会出现下图界面：我们用不同的数字标记一下。 1：选择上一步导入的表达数据 2：选择基因集（根据你的分析目的） 3：置换检验次数(最多1000次) 4：选择表达数据对应的表型 5：如果你的数据是探针数据在这里就要选true，在7选择探针对应的探针注释文件 6：作置换检验时如果样品数量少就选择基因集gene_get,样品比较多就选择表型phenotype进行置换检验 7：选择表达数据探针对应的探针注释文件
点击上图第一个Show会出现下图界面，可以设置更多参数： 第一个箭头：可以设置结果文件名称 第二个箭头：计算差异度量时采用的算发，默认Signal2Noise 第三个箭头和第四个箭头是过滤基因集（基因集最少几个成员及最多几个成员） 最后一个箭头：分析结果存放的位置
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