blast formatdb 使用方法介绍

zhuqiaoxiaoxue 2017-09-22

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formatdb is an outdated software tool in molecular bioinformatics to format protein or nucleotide databases for BLAST. It has been replaced by the tool makeblastdb and the NCBI "strongly encourage[s]" users to stop using formatdb.

The formatdb.exe program is part of the BLAST release, which can be found here:

ftp://ftp.ncbi./blast/executables/release/2.2.18

在对核苷酸或蛋白质序列数据库进行Blast搜索之前，必须要对所使用的序列数据库进行formatdb，即对序列数据库进行格式化，这是所有使用BLAST所必须的一步。

格式化序列数据库— —formatdb

formatdb 简单介绍

formatdb处理的都是格式为 ASN.1和 FASTA，而且不论是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库；不论是使用Blastall ，还是Blastpgp，Mega Blast应用程序，这一步都是不可少的。

formatdb 命令行参数

它可以根据我们的想法把源数据库格式化

主要参数的说明

-i 输入需要格式化的源数据库名称 Optional

-p 文件类型，是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库

T – protein F - nucleotide [T/F] Optional

default = T

-a 输入数据库的格式是ASN.1（否则是FASTA）

T - True, F - False. [T/F] Optional

default = F

-o 解析选项

T - True: 解析序列标识并且建立目录

F - False: 与上相反

[T/F] Optional default = F

formatdb命令的参数说明

参数	说明	值	默认值	备注
-t	数据库的标题【可选】	字符
-i	需要创建数据库的文件名	文件名
-l	日志文件名	文件名	formatdb.log
-p	文件数据类型	[T/F]	T	T – 蛋白质F – 核苷酸
-o	解析选项	[T/F]	F	T表示解析序列文件并产生索引文件，F则不解析
-a	数据库文件是否为ASN.1格式	[T/F]	F	T为是ASN.1格式
-b	ASN.1的模式	[T/F]	F	T为二进制，F为文本模式
-e	ASN.1数据库的序列数	[T/F]	F	T表示数据库中只有一条序列
-n	重命名数据库文件的名称	字符窜
-v	数据库卷的大小	整数	0	单位：兆字符
-s	限制索引的类型	[T/F]	F	T为仅用接收号创建索引
-L	创建数据库别名	输出文件名
-F	Gi列表的文件名	输入文件		配合-L使用
-B	生成的Gi二进制的文件名	输出文件		配合-F使用

示例：

formatdb -i uniref100.fasta -n uniref100 -t uniref100 -l uniref100.log -p T
formatdb -i uniref90.fasta -n uniref90 -t uniref90 -l uniref90.log -p T
formatdb -i uniref50.fasta -n uniref50 -t uniref50 -l uniref50.log -p T

ftp://ftp.ncbi./blast/documents/formatdb.html

http://www.ncbi.nlm./staff/tao/URLAPI/formatdb_fastacmd.html

http://en./wiki/Formatdb

http://boyun./bio/?p=1483

http://code.google.com/p/mass-spec-gui/downloads/detail?name=formatdb.exe&can=2&q=

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BLAST+ 中包含的 makeblastdb 参数详解

与以前的Blast相以，我们还是从格式化数据库到比对开始

一般我们是有一个fasta文件用来格式化数据库，以前的命令是formatdb，现在是makeblastdb

一般用到的格式如下：

makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -title database_title -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name

-in 后接输入文件，你要格式化的fasta序列