makeblastdb注意事项

zhuqiaoxiaoxue 2017-09-22

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本地blast，需要自行构建数据库。那么就要用到makeblastdb。这个命令很简单。

USAGE
  makeblastdb [-h] [-help] [-in input_file] [-input_type type]
    -dbtype molecule_type [-title database_title] [-parse_seqids]
    [-hash_index] [-mask_data mask_data_files] [-mask_id mask_algo_ids]
    [-mask_desc mask_algo_descriptions] [-gi_mask]
    [-gi_mask_name gi_based_mask_names] [-out database_name]
    [-max_file_sz number_of_bytes] [-logfile File_Name] [-taxid TaxID]
    [-taxid_map TaxIDMapFile] [-version]

DESCRIPTION
   Application to create BLAST databases, version 2.4.0+

Use '-help' to print detailed descriptions of command line arguments
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建库命令如下：

makeblastdb -in IWGSC_v1.0_blastdb.fasta -dbtype nucl -title CS_v1.0_full -parse_seqids -out CS_v1.0_full1

但是需要注意序列名字的问题，如果不注意，使用blastdbcmd调取目标序列时会出现问题。fasta格式中序列名字必须使用“|”隔开。比如序列原始名字是>chr1A ,则需要修改成>lcl|chr1A。这样就可以了，调取序列的命令是：

blastdbcmd -db CS_v1.0_full -entry chr1A -range 2-100  #因未写输出文件，默认输出到屏幕
>chr1A 
TAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCCTAACCCTAAACCCTAACCAAAACCCTAAACCCTAAACCCCTAAA
CCCTAAACCCTAACCTAAA1
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如果不按上述修改名字，会出现 OID not found的错误。

当要调取的序列较大时可以将序列输出☞文件，见如下命令。然后

blastdbcmd -db /data2/Fshare/IWGSC_v1.0_Formatdb/CS_v1.0_merge -entry chr1A_part1 -range 100000-110000 -out result.fasta
scp mollab@192.168.3.253:/home/mollab/result.fasta ~/Desktop/ #此条命令需要在本机执行，不是在服务器端执行，并且需要输入密码，文件保存在你自己电脑的桌面上1
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