无论你是要看某个基因是否差异表达或者筛选某个GEO数据集的差异基因,这个方法绝对能够帮助你事半功倍首先假设你已经找到了一套数据GSE32323这套数据共包含44个样本,其中有17个配对的癌与... 无论你是要看某个基因是否差异表达或者筛选某个GEO数据集的差异基因,这个方法绝对能够帮助你事半功倍 首先假设你已经找到了一套数据GSE32323 这套数据共包含44个样本,其中有17个配对的癌与癌旁样本 我们先下载数据,如图 然后使用GEO芯片数据转换器提取出表达矩阵和样本信息表 (不会提看这里)如图: 打开SampleInfo.xls文件编辑样本顺序和分组 最终修改后的样本信息表为(为什么cancer排在前面?软件默认前面比后面啊): 然后使用DECenter(下载链接:http://gap./tool/10/)进行差异分析 打开,长这个样子 看似需填项比较多,其实无非就四步 1、选择表达矩阵 2、选择样本信息表(因为你要告诉软件怎么分组的嘛) 3、选择筛选差异的方法,如果是芯片数据当然选择limma了,如果是RNA-Seq的counts数据,选择DESeq2或者edgR也行啊 4、选择样本分组列,然后选择结果保存目录点击运行就行了 示例如下: 等提示跑完,打开结果保存的目录 总共得到三个文件 1、cancer-vs-normal.limma.txt:这是cancer比normal的所有基因差异结果 2、cancer-vs-normal.limma_Dif.txt:这是根据咱们在软件选择的阈值筛选之后的差异结果 3、cancer-vs-normal.limma_TopExp.txt:这是提取的最差异的基因的表达谱 得到了差异结果之后,我们要对结果进行一个展示吧 先拿cancer-vs-normal.limma.txt使用火山图制作工具做个火山图,教程看这里:https://www./article/174 再拿cancer-vs-normal.limma_TopExp.txt使用热图绘制工具画个热图:教程看这里:https://www./article/165 导出图片,放到PPT中就可以向老板汇报了
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