农民专业合作社合并，是指两个或者两个以上的农民专业合作社通过订立合并协议，合并为一个农民专业合作社的法律行为。一般是为了某种共同的经营目的，如扩大生产经营规模，更好地为成员服务，开发服务项目等，合并组成一个社的情形。
农民专业合作社合并根据形式可分为两类：一是创设式合并，指两个以上的社归并组成一个新社，而原有的社归于消灭的合并方式。二是吸收式合并，指一个以上的社归并于其他社，归并后只有一个社存续、被归并社均告消灭的合并方式。
合作社合并不仅涉及全体成员的利益，而且涉及债权人等相关者的利益，因此，合作社合并必须依照法定程序进行。
（1）订立合并协议。参与合并的合作社各方，通常先由理事会代表各自的合作社签订合并协议。由于合作社合并须经成员大会特别决议方能进行，故理事会代表各自合作社签订的合并协议未经各自成员大会以特别决议方式通过是不能生效的。因此，这种合并协议是附条件协议，协议中必须明确：协议未经各自合作社成员大会决议通过，不发生法律效力。
（2）通过合并协议。理事会代表各自合作社签订的合并协议，须经各自合作社成员大会以特别决议方式通过，方能发生法律效力。但需要明确几点：其一，如果合并的结果加重了成员的责任，比如，提高了每股金额等等，那么，未经成员本人同意，对其不产生约束力；其二，对合并协议持有异议的成员，可以退出原合作社；其三，若参与合并的合作社有一方成员大会对合并协议决议不通过，除非有特别约定，否则原各方签订的合并协议即归无效。
（3）编制资产负债表与财产清单。合并协议经各自成员大会决议通过后，参与合并的各方即应编制资产负债表与财产清单，并经审计部门审计确认。这些资产负债表、财产清单及审计部门出具的审计报告应当备置于合作社，以供合作社成员及其债权人查阅。
（4）通知债权人。合作社进行生产经营，不可避免地会对外产生债权债务。合作社合并后，至少有一个合作社丧失法人资格，而且存续或者新设的合作社也与以前的合作社不同，对于合作社合并前的债权债务，必须要有人承继。为了保护债权人的利益，农民专业合作社法第三十九条规定，农民专业合作社合并，应当自合并决议做出之日起10日内通知新设的组织承继。即要求合作社应当自做出合并决议之日起10日内通知债权人。债权人自接到通知书之日起30日内，未接到通知书的自公告之日起45日内，可以要求合作社清偿债务或者提供相应担保。合作社债权人如在规定期限内未提出清偿债务或者提供相应担保主张，视为认可合作社合并，同意其债权转移至合并后的合作社。但是，如合作社不依法通知债权人或者以公告方式告知债权人，不得以其已合并为由对抗债权人清偿债务或提供相应担保的请求。
（5）实施合并。合并协议经参与合并各方成员大会决议通过后即发生法律效力，但是，合并协议发生法律效力并不等于参与合并的各方已经合并。参与合并的各合作社必须经过特定的合并行为，方能完成合并。在吸收合并中，消灭合作社的成员应当办理加入存续合作社手续，并应当迅速召集合并之后的成员大会，报告合并事项，有修改合作社章程必要的，应当进行修改，召开成员大会后，参与合并的各方合作社应当被视为已经合并。在新设合并中，应当推选专人起草合作社章程，召开创立大会，在创立大会完成后，参与合并的各方合作社应当被视为已经合并。
（6）合并登记。合作社合并后，应当及时申请登记。这里所说的登记包括三种情况：其一，合并后存续的合作社，应当申请办理变更登记；其二，合并后消灭的合作社，应当申请办理注销登记；其三，合并后新设的合作社，应当申请办理设立登记。
