GEO(https://www.ncbi.nlm./geo/)是个非常强大的数据库,收录的信息包括了各个疾病、各个实验条件下的数据,既有mRNA表达、蛋白表达、非编码RNA表达的结果,又有SNP、DNA甲基化的结果: 实验方法也有很多,下面我们就简单介绍GEO自带的工具GEO2R: GEO2R:https://www.ncbi.nlm./gds 我们以GSE85841为例说明: 在页面的下方有GEO2R选项: 单击后在弹出的界面里可以选择分组和样本,首先输入normal,然后输入肺癌LC,并选择样本: 选好后在最下面既可以选择top250,又可以选择所有基因: 我们选择Save all results,我们可以看到结果: 在excel里面展示即可: 这里我们看到的就是差异表达的结果了,不过需要进一步把GB_ACC转换为基因名,方法见:从转录本或者探针名到基因名的转换方法 另外,我们还可以直接看GEO数据中自带的结果,比如: 这个研究非小细胞肺癌顺铂耐药的结果在右侧会显示热图,我们可以直接单击题目进入: 这里我们看到平台号,右侧我们可以直接单击热图: 选择部分结果展示: 也可以直接搜索基因名,查看基因表达: 在打开的界面里面显示结果: 单击红框后我们看到ABCA1在顺铂耐药的细胞中高表达: |
|