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周六的时候我们介绍了UALCAN这个网站（TCGA数据库挖掘分析，这个网站好用到爆！），群里面有小伙伴问是否有网站可以查miRNA和患者预后的关系，其实我们前面介绍过两个：KM plotter（生存分析，这个网站还不错！）和Oncolnc（懒人怎么做肿瘤病人的生存分析？），不过两个网站的功能不够强大（KM plotter只能分析乳腺癌miRNA的数据，收录的结果是TCGA和部分GEO的数据，Oncolnc则不仅有miRNA，还有lncRNA的结果，不过只有预后的数据）。 今天我们就来介绍一个功能强大的网站Oncomir：http://www./ 这是我们Oncomir的主页，下面我们来看网站的功能。 在数据库的左侧是不同的功能选项，我们看到首先是： 1. Search by miRNA： 根据miRNA进行搜索; 2. Search by Cancer Type：根据肿瘤类型进行搜索; 3. Search for miRNA-target correlation:搜索miRNA和靶基因的相关性； 4. Survival Signature Analysis：生存分析； 5. Clustering Analysis：聚类分析。 第一个：根据miRNA进行搜索， 1） Tumor Development：查询某条miRNA在肿瘤组和对照组是否表达异常： 以案例的miRNA hsa-miR-92a-3p为例，单击Retrieve cancer types： 结果显示hsa-miR-92a-3p在14个肿瘤里面显著表达异常。 2）Tumor Stage and Grade： 还是hsa-miR-92a-3p，所有肿瘤： 就可以看到miRNA在不同肿瘤里面的情况，比如与BRCA乳腺癌N、T和分级相关。 3) Survival Outcome:生存状态 这是结果： 四个肿瘤里面的数据。 4） Expression Profile： 我们选择所有肿瘤： miRNA在所有肿瘤里面的表达数据。 第二个：根据肿瘤类型进行搜索。 1）Tumor Development，选择所有肿瘤：
结果：
在各个肿瘤里面共有6182条miRNA表达差异（与正常相比），大家在做课题前就可以直接查询选miRNA了。 2）Tumor Stage and Grade。我们选择所有肿瘤的M分期：
结果：
这样我们是不是就可以找到与转移相关的miRNA了？ 3）Survival Outcome:
结果：
4） Expression Profile：
所有的miRNA在所有收录的肿瘤里面表达：
也可以自己提交名单：
结果：
第三个：搜索miRNA和靶基因的相关性。 1） Search by miRNA：根据miRNA搜索。
结果：
不仅有基因名字，还有靶基因表达与miRNA表达的相关性等数据。 2）Search by Gene：根据基因搜索：
同样也可以实现：
第四个：生存分析。 1）Pre-calculated signatures：预计算的指标。
我们选择肺腺癌，经过计算的miRNA表达与生存之间的关系：
大家可以直接看到风险公式里面各miRNA前面的权重数值：
2）Custom signatures：自定义miRNA。
输入我们的miRNA和权重数值，不输入权重数值会直接默认计算好的指标：
这里大家可以直接通过多条miRNA的表达组合来对患者预后进行指征。 第五个功能：聚类分析。 有了miRNA在各肿瘤的表达后，我们可以对输入的miRNA进行分层聚类：
结果：
也可以对所有的miRNA进行分层聚类：
好了，这个网站的功能就介绍到这里了，大家使用的时候推荐chrome浏览器。 另外,吃水不忘挖井人，原文：OncomiR: An online resource for exploring pan-cancer microRNA dysregulation.Bioinformatics. 2017 Oct 3. doi: 10.1093/bioinformatics/btx627.记得引用。 |
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