前面介绍了转录组的基本知识以及简单的linux命令,今天开始正式的上机练习,今天先介绍软件的安装。 一、 linux基本操作。 到主目录下,cd表示进入某个目录,~表示主目录
查看当前所在位置的路径
查看目录
新建一个目录名为software
进入这个software,并查看所在位置
新建一个名为abc.txt的文件
修改abc.txt的名字为xyz.py
在linux下,后缀名是可以不用太在意的。你写进去的东西,不会因为后缀名修改而修改。 举个例子
输出结果是: this is a test
输出结果还是: this is a test 在这里,我们用echo这个命令把this is a test这句话放到了example.txt中,用>指令覆盖文件原内容,并重新输入内容。若文件不存在则创建文件。举例来说:
会发现,原先的内容this is a test被覆盖了为this了 如果不想覆盖,只是想在后面加一些内容怎么办?使用'>>'追加
输出结果是 this this is a test 这几个文件都是没用的。我们删除
*在这里是一个通配符。rm * 是把当前目录所有文件删除。但是rm删除非空文件夹的时候需要使用rm -r来进行 更详细的使用,可以通过命令rm --help查看具体使用。 可以看到加上-r意味着把整个文件夹里的子文件夹和文件全部删除。 二、软件安装 (1)FastQC 确认我们现在在~/software下
先来下载fastqc这个软件:
curl 的用法网上有很多的中文版本。你也可以输入curl --help或者curl --manual来在linux下查看帮助文档。 如果遇到下载问题,可以直接到网上先下载到本地电脑,再用我们在《小白生信学习记2》中介绍的软件,传到服务器上。 zip格式的文件可以用unzip来解压:
怎么知道如何安装与使用? http://www.bioinformatics./projects/download.html#fastqc 大家可以进去看看相关信息。一般官网或者解压后的下载包里都会有相关指南。 由于FastQC是用java编写的。所以其使用需要服务器上安装了java
如果提示java版本即可以。 根据说明书,我们安装如下:
上面这条 chmod +x 命令是使得fastqc变为可执行的命令 为了使得我们无论在哪个路径下都能使用这个软件,我们必须进行一些设置:
# On the Mac:
# On Linux:
2. 建一个类似windows下的快捷方式的软连接(shortcut)
# 把fastqc的'shortcut' 放到 ~/bin
# Mac:
# Linux :
3.其他:比如用alias命令,等下会使用到 这样,在bin目录下的程序,我们在服务器账号里任何一个位置都可以直接使用了。 我们来试一下:
把我提供的fastq文件放入此文件夹
过一小段时间,会出现2个文件。SRR1553610_1_fastqc.html和SRR1553610_1_fastqc.zip。这两个文件可以导出到本地电脑去打开查看。 另外,fastqc是有windows版本的。 如果有多个fastq在该目录下,想一次性全部用fastqc查看一下测序质量,可以这么操作
(2)trimmomatic # trimmomatic说明书地址 http://www./cms/index.php?page=trimmomatic
官网给出的用法如下: 需要输入 java -jar trimmomatic-0.36.jar 一长串才能用起来,有点麻烦,我们可以写一个小脚本来使得这个使用变得简单些: 下面命令的$@ 表示的是把所有的参数都传递给程序
此时发现会弹出来说明 或者我们也可以直接用vi来编辑trimmomatic这个文档(如果没有这个文件,则会自动新建这个名字的文件):
此时会看到我们刚才输进去的 #!/bin/bash java -jar ~/software/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jar $@ 这两句文字。 按下键盘上的 i 键,即切换进如“插入”模式,此时可以改写里面的内容。 如果想退出,先按下 esc 键,假设如下3种情况: 1、做出了更改需要保存:输入 :wq 即可保存并退出。 2、没有更改: :q 即退出 3、更改了不想保存::q! vi还有其他用法,这里不一一介绍了。 写好trimmomatic文件后,跟上面一样
这里还可以用alias的方法来简化用法:
即可。 当然,你也可以用vi来编辑~/.bashrc或者~/.profile文件。 好了,今天先写到这里。给大家留下HISAT2和HTSeq自己尝试一下跟着官方提供的说明书来安装一下吧。 今天的内容很多改写自这个课程:http://www.personal./iua1/courses/code-repository-2014.html 这个课程我觉得是完整和详细的(虽然有少量的细节错误),强烈推荐大家可以跟着操作和练习一下! |
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