往期回顾: 本系列课程学习的文章是:AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034 数据下载部分第一步:在PubMeb上查找文献 第二步: 根据文献的method部分找到RNA-Seq是如何存放的 第三步: 在GEO上查找GSE81916 找到了NCBI的SRA工具下载所需要的SRR编号。 GEO网址: https://www.ncbi.nlm./geo/query/acc.cgi?acc=GSE81916 分为两个部分:
FTP网址ftp://ftp-trace.ncbi.nlm./sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747 可以分为以下几个部分
第四步:通过循环,分别用prefetch下载数据 for i in `seq 48 62`;do prefetch SRR35899${i}done prefetch下载的数据一般存放在~/ncbi/sra文件下,prefecth在下载前会先查找该文件下是否已经存在该文件。 sratoolkit的其他软件,比如说fastqdump 在没有根据你给的路径找到文件,也会先进行下载。 知识点:如何用循环批量下载数据 除了用prefetch之外还存在其他下载方案。 文章所用方法:内容主要在Bioinformatic analyses部分
read count: 软件:HTSeq v0.6.0 差异表达分析: DESeq (v3.0) 差异外显子使用分析: DEXSeq (v3.1) GO富集分析:DAVID (http://david./). 实验设计: 原文链接是我简书地址,欢迎加入我的小密圈和我交流。 |
|