|
RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现，在过去的十几年里，RNA-seq 测序数据不断增加，发现的融合基因的数据也不断增加； FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库，利用NCBI SRA数据库中的RNA-seq 数据，采用tophat-fusion, soap-fusion, fusionmap, chimerascan 4款预测融合基因的软件进行预测； 网址如下： http://donglab./databases/FusionCancer/
点击 Borwse DB 按钮，首先浏览下数据库中的记录
DataBase ID : 对于每条融合基因的记录，都会给出一个唯一的ID,以FUSC开头，后面加数字； Head Gene : 生成融合基因的第一个的基因 Head Breakpoint : 融合基因的连接点在第一个基因上的位置 Tail Gene : 生成融合基因的第二个基因 Tail Breakpoint : 融合基因的连接点在第二个基因上的位置 CanCer Type: 对应的癌症类型 SRA : 原始数据在SRA 数据库中的编号 Detail : 融合基因的详细信息； 以第一条为例，点击Fusion detail，详细信息如下
在详细信息界面中，还会给出breakpoint 在基因的内含子区还是外显子区，预测到该融合基因的 软件；支持的Reads 数， 点击最下方的链接，还可以得到融合基因的序列。对于上述的融合基因，其转录本序列如下： 对于融合基因而言，最直接的结果只是检测到了两个基因的连接处，breakpoint , 其实是不能够直接确定融合转录本的全长序列的，这个是二代测序相比三代测序的一个劣势； 这里给出的序列其实是两个基因所有转录本的组合，可以看到断点都是一样的
总结： 对于融合基因的检测而言，二代测序存在以下缺点： 1）只能给出有无该融合基因，而且检测到的融合基因还存在假阳性； 2）没有具体的融合转录本的序列，没有融合基因的直接证据； 三代测序由于其读长的优势，在融合基因的检测上有着先天的优势； FusionCancer 数据库可以看做二代测序在融合基因检测方面的集大成之作，首先用了4款软件进行预测，通过数据库，可以筛选出4种软件都预测得到的融合基因，可以降低假阳性率；其次给出了可能的融合转录本序列，方面后续的RT-PCR验证；
|
|
|
