（工具篇）S4E24：Cytoscape作图介绍part2

dream1980 2017-11-15

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上一期我们演示所用的Cytoscape版本号为3.2.1，之后发现最新的3.4.0版本界面相比以前改了不少，而目前百度上搜索的很多说明文档多是基于3.x.x以前的版本，为了大家下载安装方便以及本着与时俱进的原则，所以我们选择了最新的3.4.0版本作演示。

由于我们不可能将所有选项的功能都操作一遍，所以大家平时需要自己多摸索练习，同时要利用好软件自带的帮助文档或者查阅网站http://opentutorials.cgl./index.php/Portal:Cytoscape3。

开始之前首先我们介绍一下新版的主页面

其次准备好两类文件（可到网盘上下载，链接：http://pan.baidu.com/s/1bPLahg 密码：ky8d）：一个是蛋白相互作用的文件（网络文件），一个是节点属性文件。

网络文件：node1和node2表示两个有相互作用的蛋白，combine_score表示该相互作用的可信度，该值在0-1之间，越接近1表示可信度越高（该数据来自string数据库）。

节点属性文件：分别为基因名、差异倍数以及p值（可根据需要改为其他属性列表）

Ready ? Go !

Step1

输入网络文件：点击“File--Import--Network--File”，选择网络文件“DEG_string_interactions.txt”

点击“打开”后显示如下，

1、点击node1右侧的三角形，将node1选为“SourceNode”，即点击绿色圆圈，Data type选择默认的“ab”（字符串型）；

2、同样方法将node2选为“TargetNode”，Data Type同样选择字符串型；

3、combined_score默认为“EdgeAttribute”，默认为浮点型（floating point）。

选好后点击“OK”进入下一步，此时已生成网络图，如下，

Step2

接下来导入节点属性文件“DEG_PPI.txt”，点击菜单栏“File--Import--Table--File”（注意此处选择Table而不是Network）。

导入后弹出如下对话框，红色方框中“Target Table Data”的信息表示将导入的节点属性表与之前的网络图相关联，其中“Network Collection”选择的是我们之前导入的网络文件，其他参数默认如下，可不用修改，如为其他选项，则需要通络下拉列表重新选择。

绿色方框（Preview）中的信息：第一列表示基因名称，设置为“Key”，保证基因名称不重复，第二三列均为属性“Attribute”，如需修改，同样点击名称右侧的三角形标志。

点击确定后，显示如下，乍看感觉图形没有变化，但此时下方的Table Panel中已自动多出了FoldChang和Pvalue两列属性。

Step 3

进入今天的重要部分：如何作出复杂的网络图。这个主要是依赖Control Panel 中的“Style”标签。在完成此复杂任务前，我们不妨将我们的目标进行分解。

1、首先根据combined_score的值调整边的颜色。

点击ControlPanel中的“Style”标签，再选择左下角“Edge”标签，找到“Stroke Color(Unselected)”选项

默认的灰色图标不好看，我们可以进行修改，双击灰色图标，弹出如下对话框，点击“Set Min and Max”，在弹出的对话框中将范围选为0.4-1，

双击图形右上角的倒三角“▽”，再双击“Edge Stroke Color（Unselected）”选择最大值显示的颜色；同样双击左上角倒三角“▽”，设置最小值的颜色；如果需要增加图注，可点击“Add”按钮，在图上方会自动添加一个倒三角“▽”，拖动“▽”到指定的位置，可以再添加一种颜色或者不用，点击“OK”即可。

2、根据FoldChange的值标注节点所代表基因是上调还是下调，上调以绿色显示，下调以红色显示。

将ControlPanel切换到“Style”--“Node”标签（因为要对node的style进行修改了嘛），首先我们先将节点由“方形”改为“圆形”，找到“Shape”,单击Def那一列的方形图标进行修改，选择Ellipse后点击“Apply”，之后将滚动框拖到最下方，勾选“Lock node width and height”。

其次找到“Fill Color”，Column选择“FoldChange”和Mapping Type选择“Discrete Mapping”，因为Mapping Type选择的是不连续的值，因此会将所有的值都显示出来，批量选择小于0.5的值，之后右击选择“Edit--Edit Selected Discrete Mapping Values”，在弹出的颜色盘中选择红色；同样方法将FoldChange大于2的值设为绿色。