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我们的身体里生活着数以万亿计的微生物，我们和它们之间的关系远远超出传染病、参与消化、预防感染和调节免疫这些范畴。生活在消化系统深处的细菌还会影响着癌症免疫疗法的治疗。 来自德克萨斯大学MD Anderson癌症中心的Jennifer Wargo与流行病学家Vancheswaran Gopolakrishnan一起研究了112名的晚期黑色素瘤患者，在患者使用抗PD-1药物前，他们采集了这些患者的粪便细菌样本。研究人员发现，肠道中微生物多样性高的患者，无进展生存率更高。组织样本显示，存在有益菌的患者体内有更多可以杀死肿瘤的免疫细胞。然后，研究小组将肿瘤得到缓解的病人的粪便移植到患有黑色素瘤的小鼠身上，接受了粪便移植老鼠的肿瘤生长速度减缓。
对这112名患者的粪便分析发现，普拉梭菌（Faecalibacterium）和梭状芽孢杆菌（Clostridiales）这两种细菌似乎是对癌症治疗有益的，而拟杆菌目（Bacteroidales）则对癌症治疗不利。 由法国古斯塔夫·鲁西癌症研究所（Gustave Roussy Cancer Campus）的癌症免疫学家LaurenceZitvogel和癌症生物学家Guido Kroemer领导的一项研究发现，在开始免疫疗法不久前或免疫疗法开始后，服用抗生素的老鼠的微生物组被破坏，肿瘤生长的几率更大，生存期也缩短。同时还发现，一种名叫嗜粘蛋白-艾克曼菌（Akkermansia muciniphila）的细菌与更高的肿瘤缓解率有关。69％的肿瘤得到缓解的患者中都有这种细菌。
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