单细胞RNA测序技术在近年来发展迅速,带来了许多让人眼前一亮的新成果。人类细胞图谱(Human Cell Atlas)计划也在去年启动,被MIT Technology Review评为十大突破技术之一。 人体中究竟有多少种类型的细胞?现阶段我们恐怕无法给出一个确切的答案。多细胞生物的每个细胞都携带着相同的遗传学信息,不过,它们又是独一无二的。不同类型的细胞采用特定的基因组合来产生蛋白质。 那么,检测细胞内的RNA分子也许能提供一些线索。基于这个原因,单细胞RNA测序技术在近年来发展迅速,带来了许多让人眼前一亮的新成果。人类细胞图谱(Human Cell Atlas)计划也在去年启动,被MIT Technology Review评为十大突破技术之一。 在此,我们将回顾单细胞RNA测序技术的发展。不过,我们首先要聊聊单细胞分离,这似乎是单细胞研究中最困难的一步。 单细胞的分离 从异质性的细胞群体中分离单细胞,目前主要有三种选择:手动分离、荧光激活细胞分选和微流体技术。当然,除了成熟的方法,巧妙的新方法也在不断涌现,能以更高的准确性和特异性来分离单细胞。 如果你想要的细胞已经处于悬浮状态(比如循环肿瘤细胞),而且含量相对比较丰富,那么流式分选将是你的理想选择。如果样本是实体组织,我们可以用酶分解掉胶原和其他细胞外蛋白。不过,酶学消化对细胞影响较大,甚至可能改变基因转录情况。把组织细胞制备成悬液之后,我们就可以通过特异性的荧光标签分离出自己想要的细胞。进一步拿到单细胞是比较棘手的一步,也许要借助微流体设备。 将细胞分散到悬液中,会失去它们在组织里的位置信息。如果你想了解单细胞所处的环境和它们以前的邻居,就需要用到激光捕获显微切割技术。这种技术通过扫描组织切片来定位感兴趣的细胞,并将其提取出来。操作者需要非常小心,以免切到细胞或细胞核。数量极为稀少的细胞只能用毛细管等器具手动获取。 此外,一种称为体内转录组分析(TIVA)的方法也被开发出,可以利用TIVA标记在光激活情况下捕获来自活体组织单个细胞中的mRNA,助力转录组研究的开展。 各种技术的优缺点 荧光激活细胞分选(FACS) 样本类型:解离的细胞悬液 微流体 样本类型:解离的细胞悬液 优点: 显微操作 样本类型:解离的细胞悬液 优点: 光学镊子 样本类型:解离的细胞悬液 优点: 激光捕获显微切割(LCM) 样本类型:组织样本 优点: 体内转录组分析(TIVA) 样本类型:组织样本 优点: |
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