自2004年始，在国家文物局和甘肃省文物局的大力支持下，甘肃省考古研究所诚邀北京大学考古文博学院、国家博物馆考古部、陕西省考古研究所和西北大学考古文博学院组成联合课题组，启动早期秦文化考古调查、发掘与研究项目。2006年度重点对礼县大堡子山遗址进行发掘。大堡子山遗址位于礼县县城以东13公里处的西汉水北岸。1992-1993年，大堡子山秦公大墓遭盗掘。1994年3-11月，甘肃省考古研究所对大墓进行了劫后清理，
甘肃礼县大堡子山城址出土文物发掘2座中字型大墓和2座车马坑(其中1座未清理)，对大堡子山遗址调查、钻探面积150万平方米，发现的遗迹有夯土城墙、建筑基址、墓葬、车马坑、灰坑等。大堡子山城墙依山坡而建，平面呈不规则的长方形，东西城墙断续长约1000米，南北城墙长约250米。保存较好的一段城墙位于东北角，长约6米，高约3-4米，夯层厚0.08-0.1米。城墙内遗址总面积约 25万平方米，已钻探出夯土建筑基址26处和堆积较丰富的文化层及少量小型墓葬等，被盗的秦公大墓、车马坑和新发现的乐器坑也位于城内。东北城墙外为中小型墓地，分布密集，钻探出400余座。
与大堡子城址隔河相望，在西汉水对岸的山坪也发现一座城址。夯土城墙断续残存约400米，并发现早期秦文化堆积，初步判断这里也是一座早期秦文化遗址。2006年度大堡子遗址发掘面积3000多平方米。其中，发掘大型建筑基址1处(21号建筑基址)，中小型墓葬2处(发掘9座)，乐器坑1座，人祭坑4座。
21号建筑基址位于城内南端较高处，西面背靠黄土断崖，东面俯视河川。夯土基址呈南北纵长分布在二级梯地(现已退耕还林)土层之下，梯地高差约3米，上一级梯地建筑基址以上地层堆积厚约2.5米，下一级梯地多数探方耕土下即见基址。从发掘情况看，该建筑四周为夯土墙，西墙地面以上残高0.3-0.6米，墙宽约1.5米，地下墙基宽约3米;东墙北半部、北墙以及南墙东半部只剩夯土墙基部分，宽约3米。整个建筑基址南北长103米、东西宽16.4米(包括夯土墙基在内的宽度)，东西墙之间的正中发现18个大型柱础石，间隔约5米，与东西墙一字平行排列。该建筑基址保存状况虽然较差，但基本结构大体还是清楚的，房址内没有发现隔墙之类的遗迹，似为大型府库类建筑。从地层堆积、遗迹之间的打破关系以及夯土内的包含物初步分析，大约始建于春秋早期晚段或春秋中期早段，战国时期废弃，汉代遭严重破坏;20世纪70年代因平整梯地，该建筑东墙、北墙以及南墙东段地上部分基本被毁，只剩墙基部分。
发掘中小型墓葬9座，其中3座未被盗扰。最大的ⅠM25位于东北城墙外的墓地，长4.8米，宽2.7米，深10.1米。出土青铜器9件，石圭130余件，陶器6件，年代为春秋中期偏晚。乐器坑位于被盗秦公大墓M2的西南部，相距约20米。长8.8米，宽2.1米，深 1.6米，坑口距地表深约2.1米，东西方向。坑内南排木质钟架(仅存朽痕)旁依次排列3件青铜镈、3件铜虎(附于镈)和8件甬钟，镈和钟各附带有1件青铜挂钩;北排磬架(仅存朽痕)下为2组10件石磬，均保存完好。青铜镈一大二小，最大的一件通高65厘米，舞部及镈体部以蟠龙纹为主要装饰;四出扉棱为透空的纠结龙纹，造型华美;鼓部素面，有铭文20 余字，尚待清理释读。该镈与上海博物馆收藏的秦公镈以及宝鸡太公庙出土的秦武公镈近似，年代为春秋早期。
与乐器坑同时发现的还有人祭坑4座，每坑埋人骨架1-2具，肢体屈曲，其性质当为杀人祭祀。乐器坑的性质与人祭坑相同，也应属于祭祀性质。这种用青铜s乐器坑或礼器坑祭祀的方式曾在河南新郑的郑韩故城发现过，其年代略晚于大堡子山乐器坑，为春秋中期。郑韩故城礼乐器坑单个坑面积较小，但坑的数量多，整体规模更为宏大。大堡子山乐器坑距离被盗秦公大墓很近，当与大墓有关，至于实施该祭祀活动的行为人(该坑的主人)以及所祭祀的对象还有待进一步研究。需要强调的是，该乐器坑是在大堡子山遗址遭多次大规模群体性盗掘后幸存下来的，在坑的附近及坑上部先后发现10多个盗洞，南侧最近的一个大型不规则盗洞长约5.6米，宽3.9米，深3.4米，距离坑边仅 0.2米。[4]
