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从0到1,跨出Meta第一步

 微笑如酒 2017-12-08


(本文阅读需要8分钟)


上一期医小龙大家回顾了Meta分析的种类,两天过去了,相信大家挑选好了自己想要的Meta分析的类型,摩拳擦掌了。


都说从0到1的过程是痛苦的,写过Meta分析的小盆友们一定懂得“文献检索”中的苦和泪……没写过Meta分析的小盆友可能还深陷与迷茫和彷徨之中无法自拔……


图片来源:百度图库


小编总结了一下大家对于文献检索的诸多问题:


怎么办!我不知道怎么去检索?!


怎么办!我不知道从哪里下手?!


怎么办!我怕我检索不全面?!


不要紧张,不要捉急!这就关系到如何能够有效查全文献的问题。让小编给你们一一道来。


其实大家都知道,文献检索也是一个不断摸索、不断变换、不断完善检索策略的过程。查多了不要紧,就怕漏掉,漏掉是很吓人的哦。


PubMed作为这个大家再熟悉不过的了网站,但是你真的了解吗?



神奇的PubMed


PubMed就像一个大商场,大家每天去逛,去淘自己需要的文献,但是PubMed的文献货物主要来自哪里呢?


其实呢,MEDLINPREMEDLINE是PubMed最大的两个供货商,当然还有一些其他小商贩也会偶尔供货,和这两个货商比起来不值一提。


MEDLINE可以说是最权威的生物医学文献数据库


当然提供的货也是正品,但是这个MEDLINE有个特点,就是没有进行分类标签的文献货物它是不收的。


但是文献货物太多了,更新也快,有些货来不及分类标签就要上架啊,那这些文献货物总要有个临时的地方存放吧,于是乎,确切的说是1996年8月开始,PREMEDLINE诞生了


算是对MEDLINE的一个补充,这个PREMEDLINE正好收录那些还没正式进入MEDLINE的文献货物,比如:


刚发表的文献没有给予分类和标签的文献,等到这些货物被分类完毕,贴好标签之后就可以进入MEDLINE仓库了,每个星期会更新一次,进入MEDLINE之后的文献就会从PREMEDLINE里面消失,以便留空间给后面进来的文献货物。


这样一来呢,PubMed商场里的文献货物就会被分为好几类。


重点来了!请看图:



哦,对了,怎么在PubMed里看一个文献的分类和状态呢,点击题目进去,找到PMID号,紧跟PMID后面中括号[]里面的就是文献的类型和状态。


有伙伴就郁闷了,你和我说这些有毛线用途?有,为啥呢?


如果你使用主题词进行检索,你一定会漏掉很多文章,尤其是最新的,因为还未来得及进行主题词标引,你自然检索不到了,但是如果你使用自由词检索,工作量就很大。


接着扯淡,介绍两个概念,查全率,不说概念,只举实例,比如使用你的制定的检索策略,总共查到文献270篇,但是和研究内容相关的文献只有180篇,剩下120篇是一点不想关的误检,那么你的查准率就是180/270=66.6%


那么如果系统还有120篇可能相关文献你没查到,你的查全率就是180/(180+120) = 60%


查全率就像诊断试验的敏感度,查准率就像诊断试验的特异度。敏感度高了,特异度就要下降,同样,查全率高了,查准率就会下降,导致过多无关文献出现,徒增工作量。


如果查准率高了,查全率就会下降,查全率和查准率往往此消彼长,找到一个最佳的查全率和查准率是不容易的,如果都能达到很好的,比如都在90%以上,那么你的这个检索策略一定很合适。


实际情况是,我们都没有进过严格的文献检索训练,也没学习过相关课程,很难找到保证较高的查全率和查准率,为了不漏文章,我们往往抬高查全率,虽然这样工作量大,累一点的,但是不漏文章还是很爽的。


鉴于这种实际情况,小编今天和小伙伴们讨论如何能够尽可能查全的问题。接下来要放大招了,准备好了吗?


查全技能大放送开始


1
选择正确主题词和副主题词


前面也说了主题词会漏掉部分文献,尤其是最新发表的文献,副主题词算是对主题词的一个扩充。


在副主题下面有个Restrict to MeSH Major Topic.,意思就是让你选择是否限定于主要主题词,还有个Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy.,意思是要你确定是否需要扩展主题词,如果你勾选了这两项,那么就提高查准率,但是查全率会降低,所以为了查全文献,我们一般不勾选这两项


2
自由词检索


为了克服主题词检所带来漏洞,在主题词下面Entry Terms的下面给出了主题相关的所有自由词,使用这些自由词进行检索,能够大大地提高查全率。


3
近义词转换


一个检索词可能往往有很多近义词,尽可能找出所有相关的近义词,也能够在一定程度上提高查全率,但是近义词往往需要结合专业知识,因为你不是这个专业的,你都不懂有哪些近义词。


4
使用好截词符


这个可是很流弊的检索武器啊,我们最常使用的截词符主要是*和?


截词符*表示多个字符,比如你使用us*,那么只要前面带有us,不管后面紧接着是什么的字母的单词,他都给你检索出来,能够检索出use,usual,using,used等。


截词符?不是很常用,它最多只能代表一个字母,比如你使用us?,那么他可以检索出us,use,其他再长的的他检索不到。


5
利用好布尔逻辑


AND 表示而且,OR表示并列,NOT表述不,排除在外。


6
限制检索


在PubMed进行的检索是能够检索全文里面的,如果检索的文章太多了,上千篇,你可以限制一下,比如将检索词限制在标题,或摘要,[title]或[title/abstract],也可以使用[ti]或者[tiab]。


如果你之前对检索文献使用了PubMed左边栏的限制选项,这个是可以大大降低查全率的,因为这个选项只适用于MEDLINE收录的文献,刚发表的来不及上标签你是检索不到的,所以提醒大家谨慎使用这个功能,除非你使用主题词检索,否则一般不推荐使用


7
上位词检索


有时候,你检索的文献很少,不是检索词的问题,比如你想检索牙周炎和头颈部肿瘤的风险,你检索牙周炎。


有时候会漏斗一部分文章,因为有些文章研究牙周疾病和肿瘤的风险,文章里面也包括了牙周炎和癌症的风险,但是从题目和摘要你是看不出来的,就很可能会漏掉,这种情况少见,但是也会遇到。


所以当你发现以上提高查全的方法还是没检索到很多文献的时候,你就要考虑到这种情况,这时候,你不能仅仅使用自己的检索词,最好也查一下主要检索词的上位词,比如牙周炎的上位词牙周疾病,头颈部肿瘤的上位词是肿瘤。


8
手工筛查文献


尤其是综述和之前的meta分析以及你准备纳入的研究的参考文献,一定要仔细看,这里也可能会发现新的可以纳入的文献。


9
灰色文献


有些文献是不被PubMed收录的,比如一些会议摘要什么的,这个时候你最好到自己专业的几个公认的顶尖期刊去查他们的会议论文摘要,或许有新的发现哦。


10
查找其他数据库和引擎


查找其他数据库和引擎,比如google学术,具有自己专业特点的数据库。


看了这么多,谢谢小伙伴们的耐心。文献检索就是不断调整检索策略从而达到比较满意效果的一个过程。


这个过程需要慢慢来,需要积累经验,多学习,多交流,多参考别人的检索策略。


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