经过前一讲的介绍,相信大家对TaqMan Assay都有了一定的了解。但是新的问题产生了,TaqMan Assay种类繁多,数量巨大,我们如何快速地从多达上千万的assay中找到需要的那一个呢?在这一讲中,我们将为大家介绍TaqMan Assay的搜索流程。
一、首先,您需要打开赛默飞官网主页(www.thermofisher.com)(图1)。 将鼠标放在“Popular”标题上方,在弹出的下拉框中选择“TaqMan Real-Time PCR Assays”的选项(图1)。 图1. 赛默飞官网首页 二、点开后会弹出如下的“测定方法检索工具”的界面(图2)。 图2. TaqMan Gene Expression Assay搜索结果
1. 选择“Gene Expression”; 2. 选择“All Gene Expression Assays”,也可以根据具体需求选择非编码RNA(Noncoding RNA only),融合基因检测assay(Fusion)等; 3. 选择物种。如果为人/小鼠/大鼠以外的物种,点击“More”进行选择; 4. 在“Enter target information”下的对话框中输入基因名称或缩写,或在“Enter Single Sequence”下的对话框中输入序列; 5. 如果要查询多个基因的assay,也可以点击“Enter/Upload Multiple Targets”进行批量搜索; 6. 点击“Search”,得到搜索结果。 三、 搜索结果的详细页面如下图3。 1. 一个基因可能会有不止一个assay,每个assay都有一个特殊的“身份证号”—Assay ID。而货号则代表了这类产品的包装规格,通过Assay ID + 货号的组合可以找到唯一对应的TaqMan Gene Expression Assay。 2. 点开“详细信息”(View Details)可以进一步查看RefSeq、检测区段、扩增子长度等信息。如果没有特殊要求,可以选择标注有“Best Coverage”的assay。 3. 点击“相关试剂”(Related Reagents),可以查看其他相关试剂; 4. 点击“常用内参”(Controls),可以查看常用的内参。 图3. TaqMan Gene Expression Assay搜索结果 除了基因表达assay之外,我们常用的TaqMan Assay还涵盖了SNP、CNV、mutation和microRNA检测等方面的应用,可以通过类似的方法进行搜索。 TaqMan SNP Assay的搜索(图4): 1. 选择“SNP Genotyping”; 2. 选择“All SNP Genotyping”。如果只需要搜索药物代谢酶相关基因上的SNP位点,可以选择“Drug Metabolism Assays”; 3. 选择物种(目前提供人及小鼠相关的assay); 4. 在“Enter target information”下的对话框中输入rs号或基因名称等关键词; 5. 如果要查询多个SNP位点的assay,也可以点击“Enter/Upload Multiple Targets”进行批量搜索。 6. 也可以根据染色体位置,在“What chromosome location are you trying to find?”下面的对话框中,按染色体编号及起止位置进行搜索; 7. 点击“Search”,得到搜索结果。 图4. TaqMan SNP Assay搜索界面 TaqMan Copy Number Assay的搜索(图5): 1. 选择“Copy Number”; 2. 选择“All Copy Number Assays”; 3. 选择物种(目前提供人及小鼠相关的assay); 4. 在“Enter target information”下的对话框中输入基因名称等关键词; 5. 如果需要查询多个Copy Number Assay,也可以点击“Enter/Upload Multiple Targets”进行批量搜索; 6. 也可以根据染色体位置,在“What chromosome location are you trying to find?”下方的对话框中,按染色体编号及起止位置进行搜索; 7. 点击“Search”,得到搜索结果。 图5. TaqMan Copy Number Assay搜索界面 TaqMan Mutation Detection Assay的搜索方法(图6): 1. 选择“Mutation Detection”; 2. 根据实验所选用的平台选择“Digital PCR”或者“Real-Time PCR”; 3. 在“Enter target information”下的对话框中输入基因名称、COSMIC ID等关键词; 4. 如果要查询多个Mutation Assay,也可以点击“Enter/Upload Multiple Targets”进行批量搜索; 5. 点击“Search”,得到搜索结果。 图6. TaqMan Mutation Detection Assay搜索界面
TaqMan MicroRNA Assay的搜索(图7): 1. 选择“MicroRNA”; 2. 选择“TaqMan MicroRNA Assays”。也可以根据实际需求,选择“TaqMan Advanced miRNA Assays”,“TaqMan Pri-MicroRNA Assays”(前前体)等选项。 3. 选择物种;如果为人/小鼠/大鼠以外的物种,点击“More”进行选择; 4. 在“Enter target information”下的对话框中输入miRBase ID,miRBase Accession Number等关键词(如果有miRNA的成熟体序列,建议优先采用成熟体序列进行搜索); 5. 如果要查询多个miRNA的assay,可以点击“Enter/Upload Multiple Targets”进行批量搜索; 6. 也可以在“Enter Single Sequence”下方的对话框中输入miRNA的成熟体序列进行搜索; 7. 点击“Search”,得到搜索结果。 图7. TaqMan MicroRNA Assay搜索界面 好了,关于TaqMan Assay的搜索,我们就先介绍到这里。最后再送给大家一个小贴士,如果在搜索框中不输入任何关键词,则可以查找到该类别下面的所有assay。小伙伴们,还不快试试这个新技能? 如果经过了一番搜索之后,很遗憾,没有找到需要的assay。大家也别沮丧,我们还准备了独门秘籍,那就是通过定制的流程得到专属于自己的TaqMan Assay。关于这部分的内容,敬请期待我们后续的内容哦。 祝各位老师,2018年身体健康,阖家幸福 |
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