花10分钟学一项技能 ImageJ 图像分析

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imageJ是什么

ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由National Institutes of Health开发的。可运行于Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus PDA等多种平台。其基于java的特点， 使得它编写的程序能以applet等方式分发。

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imageJ可以做什么

概括一下，主要分为以下几个方面：

A.图像的区域和像素统计（大小）。长度，角度， 阳性点密度和数量

B.光密度或灰度，并制备密度直方图和线性图。

C.两种蛋白共定位的程度

D.卷积，Sholl 分析，傅里叶分析

E.更多功能

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imageJ界面简介

界面分为：菜单栏，工具栏和状态栏。

菜单栏：从左至右分别是：文件，编辑，图形，处理，分析，插件，窗口，帮助。

工具栏：从左至右分别是 4种区域选择工具，直线选择工具，角度工具，点工具，魔棒，文字，放大镜，拖手，颜色吸管，动作宏，菜单宏，绘图工具等（颜色吸管以后的内容可以变化），通过点击最右边的 >> 按钮选择需要的栏目。

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使用imageJ软件之图片编辑

取消（Undo）：Edit →Undo， 恢复到前一步，不过只能回退一步，这点和photoshop操作是一样的

恢复（Revert）：File →Revert，恢复到上次保存后的状态。 

裁剪（Crop）：Image →Crop. 方框选择工具选好区域后进行裁剪。 

清除界外（Clear Outside）：Edit →Clear Outside.将选择区域以外图形清除。相类似Edit→Clear是清除选择区域内部。

改变亮度对比度（Brightness and Contrast）：Image →Adjust →Brightness/Contrast， 类似于photoshop里的操作。可以是图形的明暗对比更明显或更模糊。 （Process →Enhance Contrast.这个选项是自动改变对比度，小心使用）

清除噪点：Process →Noise →Despeckle 或者Process →Filters →Median 此外，Process →Noise 选项里面还有添加噪点的选项。 

旋转：Image →Transform→Rotate 

转化成灰度图：Image →Type →8-bit （8位），或16-bit（16位）

阈值（Thresholding）：假设要计算组织或细胞HE染色图片的细胞数量，可以根据细胞核的数目来确定。操作为：Image →Type →8-bit；Image →Adjust →Threshold；通过拖动标杆来设置具体值，最后选择apply。还可自动设置阈值：Process →Binary →Make Binary。

保存文件：存成Tiff的要比jpeg的画质损失要少(File →Save As →Tiff)。