基因(蛋白)常见的功能分析方法有:代谢信号通路(pathway)和GO(Gene ontology,基因本体论)分析。其中,常见的pathway数据由KEGG、Reactome、Biocarta等。对比KEGG,记载BIOCARTA数据库的资料不多,今天跟大家一起学习一下BIOCARTA数据库。 基本介绍 该数据库的特点是对通路数据,用来进行分子互作关系、富集分析、通路为基础的研究等。观察基因如何相互作用的动态图形化模型。从分子的关系角度描绘了一个网络图模型。是“开源”数据库的典型代表法,通过社区论坛而成长起来的数据库,通过不断整合蛋白质组信息迅速发展壮大起来。它还提供了目录并且总结了12万多个多物种的基因信息的重要资源。发现了过去的已有的通路的同时也发现了一些新的通路。
这个数据库可以说是和KEGG数据库齐名,尽管其数据量目前可能没有KEGG的多,但在一些通路相关的研究中,这个数据库也和KEGG一道用来研究基因的功能,注释信息,进行富集分析等。 如何使用该数据库?首先,打开网页 https://cgap.nci./Pathways/BioCarta_Pathways,然后查找你所感兴趣研究的通路。 比如,我所感兴趣的通路是p53 Signaling Pathway,点开相应链接,你可以看到一副信号通路图。这张通路图是默认为人类的,你可以通过右手边的按钮切换成小鼠的通路。
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