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基础研究文章分组信息中的隐藏秘密~

 六月花LI 2018-01-19



文/Ewen,酸菜少量删改


分组也是一门学(tao)问(lu)。当我们阅读文献时,看到一个figure,要想读懂它,首先你要想清楚这是在进行什么实验,该实验的目的是为了验证表型还是为了阐述机制。




随后就开始观察实验的分组,我把分组理解成三个维度:

第一维度:平行的不同细胞或者同一细胞不同的模型诱导方式;

第二维度:对主变量的操作;

第三维度:围绕主变量对上游或者下游的操作。


每个维度里面又有很多具体的分组策略:比如第二维度:阴性对照组,处理组(过表达;敲减(用si或者用sh)/KO;位点特异的突变等等),阳性对照组(有些实验里面是不需要的)。


建立了三个维度的认识,还需要理解维度组合:

(一)+(二):这是主变量有无表型的组合。这种组合的结果图的呈现方式是典型实验+二维展示(二维结果图)(听说你不知道二维柱状图是什么,可以去听一下谈帅讲的prism单元课,有关于作图的讲解);有些文章中是以不同细胞来分成不同的图,平行展示,实验内容和分组完全一致。


(一)+(二)+(三):这便是rescue的典型组合。需要确定做几株细胞?(一般Rescue会兼并工作量,就做一株验证),然后是(二)+(三):具体对主变量和因变量进行什么操作,参考酸菜老师给大家的口诀:“正正反,正反正;反正正,反反反”。一张图中是可以同时出现这三个维度的,这种情形对理解的难度也是最高的。当组数多的时候,一般将不同细胞分不同的图展示,这样每个图都是二维度的图,容易理解。


这些维度的组合别看形式上就那么点变化,其实不同维度下的分组会产生排列组合的复杂输出结果。比如,第一维度确定了两株细胞,第二维度要阴性对照,过表达,敲低。那么一+二维度的组合就需要:2X3=6组,由此类推三个维度的组合岂不是分组繁多?三维度组合里面其实存在可省略的分组,一一配对比较一下看有无实际研究意义,没有必要就可以不做。


点击看大图


完美的交叉分组,复杂的逻辑形式;或是简约的分组,不对称的图形结构,要怎么割舍,取决于个人喜好。


补充一点:如果一上来就是(一)+(二)+(三)的组合,那么可以不用做(一)+(二)组合,因为前者包含了后者。所以,实验设计之前就考虑好Rescue的分组,可以省去做重复的实验。到这里,如果你都能理解,说明你已经掌握了多元变量之间论证的逻辑规律了。彼时,进行实验设计时分组策略便可游刃有余。


挖掘分组之中蕴藏的奥秘,对于理解基础科研,提升阅读文献的效率以及自己做课题时的体现严谨性都有巨大裨益,希望抛砖引玉,得学友们共同研讨提升。



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