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快讯:circRNA方法学专刊 & NAR数据库专刊上线

 九色枫林 2018-01-22






1. 《Methods in Molecular Biology》发表circRNA技术方法专刊

著名的方法学杂志《Methods in Molecular Biology》在最近的一期中专门对circRNA的研究方法做了专刊,包含了17篇方法学的文章,涵盖了circRNA分离,验证,分析与功能研究等各个方面。为方便广大同行交流学习,我们将结合公共号近期正做的RNA互作分子分析技术专题系列进行汇总和介绍。敬请大家关注。


专刊的目录截图如下:

图1 《Methods in Molecular Biology》circRNA专刊目录截图


2. 《Nucleic Acids Research》发布2018年度数据库专刊 

自1994年以来,Nucleic Acids Research每年定期在1月份刊发数据库专刊,2018年度已是第25期。


本期共收集了181篇文章,其中84篇为之前曾在数据库专刊中报道过的数据库的更新版,82篇为新收录的,还有15篇为最新上线和公布的数据库。核酸方面的数据库包括用于可视化基因组3D结构和RNA结构的数据的3DIV数据库,RNA家族的分级分类的RNArchitecture数据库。蛋白质数据库包括经典的SMART,ELM和MEROPS,也包括GPCRdb和STCRDab等新面孔。在代谢领域,HMDB和Reactome报道增加了新的功能,PULDB数据库则是首次收录。基因组Resource数据库包括Ensembl,UCSC基因组浏览器和ENCODE。还有其他的药学,蛋白质组学等等不同领域的数据库(Fern´andez 2018)。

 

circRNA相关的数据库

今年的数据库专刊首次收录了两个circRNA相关的数据库:CSCD和exoRBase。CSCD是介绍肿瘤特异性的circRNA表达的数据库。exoRBase是专门收录外泌体中各种RNA分子的数据库,其中包括了circRNA。两个数据库的介绍文章已在论文公布的第一时间做了介绍,在此不再赘述。

 

RNA研究可能涉及的数据库

在所收录的数据库中有不少是直接与RNA有关的,包括可视化基因组3D结构和RNA结构的数据的3DIV数据库,RNA家族的分级分类的RNArchitecture数据库等等。此外一些常用的基因组和蛋白研究的数据库也是circRNA研究经常会用到的,也一起汇总在这一部分了。下面将与RNA有关的数据库名称,简要介绍和网址汇总如下(表1):


表1 RNA研究相关数据库(摘自(Fern´andez 2018))

数据库名称


其他生物医学相关数据库

除了与RNA研究密切相关的,还一起写其他的生物医学相关的数据库,例如人类组织中蛋白-蛋白质相互作用差异的数据库DifferentialNET,疾病相关增强子数据库DiseaseEnhancer等等。具体列表如下:


表2生物医学相关数据库(摘自(Fern´andez 2018))

数据库名称


其他数据库

非生物医学方向的,比如微生物,植物,甚至风味物质的数据库也在今年的收录名单,相关研究方向的同仁可以了解一下。


表3其他数据库(摘自(Fern´andez 2018))


   

 

参考文献:

Fern´andez, D. J. R. a. X. e. M. (2018). 'The 2018 Nucleic Acids Research database issue and the online molecular biology database collection.' Nucleic Acids Research.

 

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