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絮语： IQ-Tree是2014年新推出的一款基于最大似然法（ML）的建树软件，具有准确、快速、灵活等特点，特别适用于大数据的系统发育分析。该软件的具体功能详见官方网站介绍（http://www./），本文不再赘述，下文简要图解应用IQ-TREE重建ML树。 流程： （1）数据准备： IQ-TREE支持多种序列数据格式，其中Phylip为该软件首选，但也可以直接读取FASTA，程序会自动转为Phylip格式，省去格式转换的步骤，对于新手非常方便。  （2）模型选择： 在应用ML法重建系统发育树前，需要进行核苷酸替换模型的选择，IQ-TREE整合了ModelFinder这个模型选择模块，可以快速获得目的数据的最佳进化模型，推荐使用其替换jModelTest等软件，示例数据基于BIC标准最佳核苷酸替换为GTR+R6，详细操作可见日志《图解核苷酸替代模型的选择 - ModelFinder篇(简明版)》，链接：https://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1503471361  （3）ML树重建： 命令格式: ./iqtree-omp -s ./NLV.fas -m GTR+R6 -bb 1000 -alrt 1000 -nt AUTO ./iqtree-omp IQ_TREE的路径，可以是绝对路径，也可以相对路径（需要通过cd命令进入当前目录）； -s ./NLV-sample.fas 参数-s 即 sequence，其之后为序列（含路径)，可以将序列直接拖入命令运行窗口； -m GTR+R6 参数-m 即model，其后为选定的最佳模型； -bb 1000 参数-bb 即可bootstrap，其后为重复抽样次数，推荐默认1000； -alrt 1000 参数-alrt 即启SH-aLRT检验，其后同样为重复抽样次数，如果不启用该检验，可以直接删除； -nt AUTO 参数-nt即Number of Threads，用于IQ-TREE分析的线程数，可以用AUTO参数让系统自已分配，也可以自己指定 Raindy注：如果需要指定一个outgroup，可以在模型参数之后，添加一个-o 参数用以指定某一条序列为outgroup，如：-o NC_018093_SPVG即将示例中的名称为NC_018093_SPVG指定为outgroup。  （4）结果解析： IQ-TREE建树完成，会在序列目录下生成多个文件，主要包括程序运行日志xx.log、ML树文件（含有BP/SH-aLRT评估分支置信度）和一致树文件xx.contree，可以用Figtree进行查看，将Nodel Label标签下拉菜单选择label（打开树文件前提示，未修改为Label 为默认名称)。  下图为示例数据的最终结果，方法描述可参考：Gao et al, 2018, The first complete genome sequence of narcissus latent virus from Narcissus...  Figure 1. Mid-point rooted phylogenetic tree based on the codon-aligned nucleotide sequences of the polyproteins of members of the family Potyviridae. 延伸阅读： 1.Nguyen L-T, Schmidt HA, von Haeseler A, Minh BQ (2014) IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies. Molecular biology and evolution 32:268–274. 2.Kalyaanamoorthy S, Minh BQ, Wong TKF, von Haeseler A, Jermiin LS (2017) ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates. Nature Methods 14:587-589. |
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