概念复习及混淆点提示什么是lncRNA和miRNA，他们都来自一个大家庭：非编码RNA（non-coding RNA）。 先说微小RNA（micro RNA, miRNA），说到这就又不开森了，明明前两天冰糖讲过了还要我来重复！唉，谁让人家miRNA得过Nobel prize，无论做转录组的生物信息还是基础实验，miRNA真的蛮重要的，可以称得上是非编码调控研究的先锋。 接下来划重点：miRNA通过结合3‘-UTR的种子区(seed region)下调靶基因mRNA在胞质内的表达是其经典生物学功能，也是内源竞争性(competing endogenous) RNA分子网络的理论基础，虽然有报道称部分miRNA可以结合5’-UTR的帽区延长mRNA的半衰期，或是进核促使相关基因的转录（有点儿撞脸piRNA），不过这些都是miRNA这位老朋友的新玩法，还没有写入教科书，而且现有的大部分miRNA相关数据库也都是围绕其干涉靶基因表达的功能进行注释和预测的。 接下来是lncRNA，这就有点儿creepy了，这个概念出现有一段时间了，三五年前火了一把，那时候随便芯片测序就可以发影响因子上五分的杂志，这两年虽然有点回冷不过依然不乏好文章的面世，不过就是这个人尽皆知的概念，很多情况都一直被人们胡乱地叫着名字：lincRNA / lncRNA？ 长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是对应短片段非编码RNA(miRNA, piRNA, snoRNA, shRNA, etc.)的一个较大的集合概念，是较高级真核生物（其实也没多高级，昆虫也有）细胞转录组中长度超过200nt，且不编码蛋白翻译的线性RNA，包括pseudogene和long intergenic non-coding RNA(lincRNA)等，它们与mRNA相比还有一些其他特征，比如有的没有cap或polyA（鬼知道它们怎么活下来的），很多存在二级结构且通过其发挥功能，还有大部分具有组织特异性等。lncRNA的功能多种多样，概括地讲就是作为庞大的物质基础和背景，协调完成高等生命复杂的调控过程，所以那些经典的例子如HOTAIR或H19，细分都是属于lincRNA的范畴。 lncRNA与ceRNAlncRNA因其存在Introns等片段组成，长度可达数千nt，这就为吸附结合大量的miRNA提供了良好的物质基础，通过竞争占有胞内大量的miRNA，像海绵一样缓冲并削减其干涉靶基因mRNA编码蛋白的能力，我们就称这样的lncRNA与mRNA互为ceRNA关系，因此可见，作为关联节点的就是miRNA，它的靶构成了ceRNA，共同组合就是ceRNA网络。众多研究中，对抑癌基因PTEN相关ceRNA调控机制的认识较为成熟。 如何用今天的知识印paper？WTF！印文章？ |
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