肿瘤基因突变：从NEJM到COSMIC数据库

Jennymgozseons 2018-02-26

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介绍今天的内容之前，我们先介绍两个概念：

1. Somatic Mutation（体细胞突变）

Somatic mutations are a result of changes in the DNA of somatic cells, also called body cells, of an organism, and not in the germ cells. Examples of body cells include the cells of the skin, liver, bone marrow, eyes, etc.

2. Germline Mutation（生殖系突变）

Germline mutations occur as a result of changes in the DNA of germ cells. Germ cells are those cells that produce gametes, more specifically spermatogonia in males and oogonia in females. In males, these occur in the testes, while in females, they occur in the ovaries.

下面我们先简单看一篇今年八月份新英格兰杂志上刚发表的文章：Inherited DNA-Repair Gene Mutations in Men with Metastatic Prostate Cancer.N Engl J Med. 2016 Aug 4;375(5):443-53.

文章对692例转移性前列腺癌男性患者DNA修复有关的生殖系基因突变（germline mutation）通过全外显子组进行了测序（测序深度100X，illumina Hiseq 2500和Miseq 100bp PE测序），检测的样本为：口腔拭子、血沉棕黄层、外周血、唾液、配对肿瘤和癌旁组织，并将结果与普通人群和局限性前列腺癌进行了比较，结果发现突变频率显著高于前者（11.8%），而与年龄、家族史并无显著差异。

Presumed Pathogenic Germline Mutations

文章的内容我们就不展开了，文章下载链接： https://pan.baidu.com/s/1kUN654j 密码: tefu

下面我们介绍一个肿瘤基因体细胞突变的数据库COSMIC：Catalogue of somatic Muation in Cancer (肿瘤体细胞突变大全)，网址：http://cancer./cosmic

我们看这个数据库的两个主要功能：Cancer/Genome Browser（浏览功能，可与昨天的内容这是一个神奇的网站：UCSC Genome Brower比较）和Cell line Project。

Cancer/Genome Browser

打开后

选择lung adenocarcinoma(肺腺癌)，下面是结果：

我们在前面一期介绍过UCSC Genome Browser的使用方法（这是一个神奇的网站：UCSC Genome Brower），我们看这个Genome Browser 收录的信息，单击后显示：

我们分别看一下1-6的内容：lncRNA，microRNA、调控元件（启动子、增强子、染色质开放）、甲基化、拷贝数和SNP。

这些信息可以帮助我们进行基因表达调控的研究，比如某一基因的异常高/低表达可能由何种因素介导。

我们再看第三项Mutation matrix：

我们看到在肺腺癌中EGFR的突变以点突变（Point Mutation）、高表达（Over Expression）为主，KRAS除了点突变外，拷贝数增加（CNV Gain）是另外一种常见变异，而P53除了点突变外，常见低表达（Under Expression），HOXC4则以高甲基化修饰（Hyper Methylation）为主。