【原】如何从TCGA数据库下载体细胞突变数据（somatic mutation）

   前面给大家介绍了新版的TCGA数据库，通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据和miRNAseq数据

☞ 新版TCGA数据库RNAseq数据下载

☞ 新版TCGA数据库miRNA数据下载

以及如何合并成矩阵

☞ 【视频讲解】R代码合并新版TCGA中RNAseq表达谱矩阵

☞ 【视频讲解】R代码合并新版TCGA中miRNA表达谱矩阵

☞ 零代码合并新版TCGA中RNAseq和miRNA表达谱

我们经常会在SCI文章里面看到下面这样的图来，展示体细胞突变（somatic mutation）的数据。

这个图叫瀑布图，展示每一样本中的各种类型的突变，包括错义突变，移码突变，无义突变，插入缺失等等。要想画出这张图，首先我们必须要准本好数据。今天小编就来跟大家聊聊怎么从TCGA数据库下载体细胞突变（somatic mutation）数据。

1.打开TCGA网站，输入需要下载的肿瘤类型

2.点击WXS后面的数字51

3.点击左上角File

4.选择WXS，Masked Somatic Mutation，maf，simple nucleotide variation，Aliquot Ensemble Somatic Variant Merging and masking，然后Add all files to cart

5.这51个文件就加入右上角的购物车里面了

6.下载sample sheet和Download下拉框里里面的Cart

得到两个文件

gdc_download_20220418_080408.481174.tar.gz和gdc_sample_sheet.2022-04-18.tsv

7.新建一个文件夹，名叫TCGA_CHOL_maf

在TCGA_CHOL_maf下面再建一个文件夹叫maf

将gdc_sample_sheet.2022-04-18.tsv拷贝到TCGA_CHOL_maf中，重命名为maf_sample_sheet.tsv。

将gdc_download_20220418_080408.481174.tar.gz拷贝到maf中解压

TCGA_CHOL_maf文件夹结果如下

TCGA_CHOL_maf/maf文件夹结构如下

那么到这里，我们就下载好了胆管癌的体细胞突变的数据了。下一期内容，我们将使用R代码将这些数据合并成一个矩阵，为绘制瀑布图做准备。

为了方便大家交流学习，共同进步，我特地创建了微信交流群