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不一样的ANI 在基因组水平上的原核物种界定的黄金标准是DDH(DNA-DNA hybridization)。一般DDH值在70%以上，说明基因组类型有很好的一致性。但DDH分析操作复杂耗时，且结果不能用于累积的数据库。16s rRNA 也是常用的物种鉴定办法，但有些物种16s相似度达到99%，但它们DDH值却很低，说明16s RNA物种鉴定的方法也存在局限性。 ANI全称Average Nucleotide Identity，即平均核苷酸一致性，主要用于在全基因组水平评估物种间的亲缘关系。ANI分析简单、快速、准确。最近研究，用ANI分析发现GenBank数据库收入气单胞菌属的39株菌中有14株菌的菌种定义错误。因此很有必要用ANI分析确定所研究菌种的分类信息。 一般同物种间的ANI值在95%以上，即95%作为现公认的ANI分类阈值。 常用的ANI分析软件有2类，分为本地版和在线版。 本地版ANI分析工具有： JSpecies (http://www.imedea./jspecies) OAT （https://www./tools/orthoani） Gegenees (http://www./documentation.html) 在线版ANI分析工具有： EzGenome (http://www./ezgenome/ani) ANI calculator (http://enve-omics.ce./ani/index)
不同软件计算出的ANI结果会有微小的差异。一般ANI calculator 算出的值高于JSpecies和EzGenome tools 。例如Aeromonas hydrophila HZM 和A. hydrophila ATCC 7966T菌株间，ANI calculator 计算出的ANI 值为89.0%，而JSpecies计算出的ANI值为86.6%。不过它们计算出的值均远小于95%阈值，因此对分类结果没有影响。但如果计算的ANI 值在95%附近，就需要慎重对待，因为使用不同的计算软件可能会得到不同的分类结果。 下面以JSpecies软件为例，简要介绍ANI分析的过程。 注意：JSpecies软件需要调用BLAST或MUMmer软件，因此需提前安装好这2款软件： Blast下载链接ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/ MUMmer 下载链接https:///projects/mummer/files/ Jspecies1.2.1.jar下载到本地后，鼠标双击Jspecies1.2.1.jar文件即可启动软件运行，然后按照下列操作步骤进行分析。 第1步：设置当前工作目录，blast软件路径和nucmer软件路径以及比对参数 路径设置： Blast比对参数设置： MUMmer比对参数设置： 第2步：导入fasta文件，可以导入2个或多个fasta文件 第3步：选择分析内容，设置分组，点击start开始分析 第4步：查看分析结果 参考文献： 1. TFigueras M, Beaz-Hidalgo R, Hossain MJ, Liles MR. 2014. Taxonomic affiliation of new genomes should be verified using average nucleotide identity and multilocus phylogenetic analysis. Genome Announc. 2(6):e00927-14. doi:10.1128/genomeA.00927-14 2. Mincheol Kim,Hyun-Seok Oh. 2014. Towards a taxonomic coherence between average nucleotide identity and 16S rRNA gene sequence similarity for species demarcation of prokaryotes.International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (2014), 64, 346–351
微生物基因组 文案|邹官清  |
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