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三分钟了解基因表达模型的神器就是这个?

 微笑如酒 2018-03-17
要分析基因的表达谱,你第一时间想到的是不是什么R语言啊,某某神器啊!或者GEO啊!或者SRA啊!反正都是你肯定都不会的那些个玩意,嗯,是的。你肯定都不会。

但是,你可能不知道,NCBI为了让你们变得更傻瓜,在去年就已经把表达谱数据,跟Gene整合到了一起。意不意外,惊不惊喜?!只要在Gene里,直接搜索这个就可以得到所有含有表达谱的基因了:


乍一看是不是和原来没什么差别?不过你会发现,在基因的描述下面多了一行“Expression”:


点击详情的话,会下拉到表达谱的柱状图上,没错,就是全都给你分析好的柱状图:


P53在不同组织里的表达,就是这么明显了,这就是你要的表达模式,当然,右上角有个“details”的按钮,点一下,就会直接链接到这里:


那你就能直接下载这个柱状图所对应的样本SRA数据了,也就是,就算你想自己分析一下,也可以。


但,数据就这么多么?当然不是!就比如P53里,就有大概四个测序的数据在里面,可以通过下拉菜单来切换:


接下去就是重点了,要怎么样搜索你关心的表达模式呢?很简单,就限定搜索词就行了,当然,我知道,不好好学习NCBI的你,肯定不知道这个搜索词是什么样的。于是我给你举了两个栗子:


这个搜索的是在人类(human[orgn])的肝脏组织(liver[expression/tissues])中有表达数据的基因。当然里面的基因还是比较多的,还需要你进一步筛选哈。


这个是搜小鼠(mouse[orgn])14.5天胎龄肝脏样本('liver E14.5'[expression/tissues])中有表达数据的,且与P53基因相关的基因(包括已知的互作哦)。


好了,你是不是已经学会了呢?好吧,今天就先策到这里吧。


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