 生物信息学分析对实验是重要的辅助和补充。癌症基因组图谱（TCGA）是肿瘤研究中重要的数据库，然而因为其数据集规模较大，复杂度较高，下载数据进行分析困难较多。在做TCGA数据分析时，GEPIA等网页工具给操作带了极大的便利，能够使分析绘图更加快速简单。今天我们介绍一款新的TCGA网页神器，有助于大家更为便捷，高效的进行数据分析和画图。  KRAB-ZNFs (Krüppel-associated box domain zinc finger proteins)：是最大的锌指蛋白家族,也是最大的表观遗传抑制剂。这些蛋白在细胞信号转导、细胞生长、分化中起到重要作用。KRAB-ZNF家族中的一些成员也参与癌症的发生发展。然而大多数KRAB-ZNF因子的功能却尚且未被探索。 正常组织和癌症组织KRAB-ZNF表达的比较分析 首先我们选择Expression in Normal vs Tumor 一栏，在页面左边，选择想要进行研究的肿瘤类型（例如以LUSC 为示范），选择研究的KRAB-ZNF因子（例如选ZNF8,ZNF275,ZNF175,ZNF205为示范），并对参数进行设定。运行后，会在界面右边得到结果图片和数据，图片可以下载tiff, pdf, eps三种格式，数据可以下载csv, txt格式。   KRAB-ZNF的表达和多种临床-病理参数的联系 进入Clinical Parameters一栏，以LUSC cohort，ZNF275基因为例，在subtype一栏，有“expression subtype”, “gender”, “histological type”, “smoking history”,“pathologic M” , “pathologic T”, “pathologic N” 等分类标准可以选择。接下来设置linear scale 或者log scale, 以及对scale minimum ，font size进行设定，就可以在界面右边得到可供下载的结果图片和数据。例如：  生存分析 进入“Survival Analysis”一栏，绘制Kaplan-Meier曲线;例如选取KRBA2 基因，KIPAN cohort，并以系统默认参数进行设定，在界面右边出现Kaplan-Meier曲线以及基因表达的分布。可以下载png, pdf, eps, tiff四种格式。另外还可以绘制所选基因热图;生成log-rank检验表格。  KRAB-ZNF表达与DNA甲基化的关系分析 进入“Methylation and Expression”一栏，利用t检验分析两组患者CpG甲基化差异，以最高10%和最低10%表达水平进行分组。同样可下载结果表格。 KRAB-ZNF异构体的分析 还可以绘制异构体在选中的基因和队列中的表达百分比，也可以绘制在所有队列中的表达条形图。  KRAB-ZNF在正常组织中的对比分析  这个工具与其他泛化工具（例如大家常用的GEPIA）相比，专注KRAB-ZNF 家族的300多基因，研究更深入，功能更丰富，数据下载也更全面，对于研究KRAB ZNF这个最大的表观遗传抑制剂家族的科研人员有很好的辅助作用。同时，因为这款工具专注于对一部分基因进行深入探索，研究更为垂直，也为未来生信工具的开发，提供了新的思路和方向。 参考文献 Cylwa Rafał,Kiełczewski Kornel,Machnik Marta et al. KRAB ZNF explorer-the online tool for the exploration of the transcriptomic profiles of KRAB-ZNF factors in The Cancer Genome Atlas.[J] .Bioinformatics, 2020, 36: 980-981. |
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