分享

TCGA中miRNA神器的骚操作

 沙亮哥哥 2018-03-29
John Bee文献无限好,Low Bee文献快乐多。但是Low Bee文献的快乐的到底在哪里呢?我们继续来讲讲看上次那篇1.543分的蚊帐哈(不知道上次是哪次的就点这里哈)。


没错,就是这篇蚊帐,实在是太有内涵了。因为全程没有做实验,所以全程都用到了各种工具,看完这个,你会更长见识的。比如这段:


在这里,蚊帐里说到,他们分析了TCGA的数据。嗯,是TCGA中miRNA的表达数据,没错。其实他们用到的是这样一款网页神器:


Tumor-miRNA-Pathway。没错,这个题目听了,你就知道,是有多简单粗暴了。就是研究肿瘤中miRNA和miRNA相关的信号通路的。比如这篇蚊帐里涉及到的miRNA的表达,就是在这个界面的右侧下面这一栏:


直接搜索miRNA就行了,我就搜了一个MiR-21-5p:


几乎和蚊帐里的图是一毛一样了:


好吧,其实这个神器还有别的功能,就是分析miRNA的信号通路:


就随便浏览一下关于miR-21-5p在乳腺癌中的信号通路,当然分析的数据也都是基于TCGA的,然后就得到:


这就是跟miR-21-5p相关的信号通路了,当然也会有靶基因的表达数据,哲学数据也是基于TCGA的:


好吧,用起来比较简单,而且那些水蚊帐的水友们,也都能用得上,别的不多说了,有兴趣的就自己去试试看吧。好了,今天就先策到这里吧。


    本站是提供个人知识管理的网络存储空间,所有内容均由用户发布,不代表本站观点。请注意甄别内容中的联系方式、诱导购买等信息,谨防诈骗。如发现有害或侵权内容,请点击一键举报。
    转藏 分享 献花(0

    0条评论

    发表

    请遵守用户 评论公约

    类似文章 更多