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目前，行政事业单位会计与基建会计分设两套账有其必要性： 一是二者的核算基础不一样，行政事业单位账主要反映财政资金的来龙去脉，首先要满足预算管理的要求，其会计核算基础是收付实现制（即现金收付制），只是在个别业务引入权责发生制；而基建核算是反映基建投资支出资本化的过程，其会计核算基础必然是权责发生制，因此，在单位账中难以详细反映基建业务来龙去脉。 二是基建往往是跨年度的，时间很长，基建过程发生的经济业务复杂，凭证繁多，如果在单位账中反映，则把基建投资支出业务分散“淹没”在单位账中，不利于基建日常查账及审计监督。 因此，《事业单位会计制度》明确规定“事业单位对基本建设投资的会计核算在执行本制度的同时，还应当按照国家有关基本建设会计核算的规定单独建账、单独核算”，而新旧事业单位会计制度衔接规定以及新旧行政单位会计制度衔接规定均要求“单位应当在按照国家有关规定单独核算基本建设投资的同时，将基建账相关数据并入单位按照新制度规定设置的会计账（大账）”。
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