用来研究蛋白互作关系，你会发现PPI构建原来不是一个难事~~ 经过一段时间的休整，继续Cytoscape app的更新。在这一次介绍插件之前，我们先介绍一个网站，http:///，主要是用来研究蛋白互作关系，你会发现PPI构建原来不是一个难事。 
主要提供了以下蛋白之间关系的数据及预测：Predicted,Physical Interactions,Co-localization,Co-exprssion,Pathway,Shared protein domains,Genetic interations。该网站提供三种图形的转换及图片下载，里面还有基因注释饼图功能，大家可以探索一下。
Cytoscape里有GeneMANIA APP。第一次使用时，会提示安装数据，数据会有点大，下载过程中如果断网的话，可能需要重新下载。它提供了三种数据下载，如果你电脑空间够大，可以选择all。 
然后在Install Data里选择种族并安装。安装好之后，输入你感兴趣的基因名（可以是一个也可以是一个集合 
这里node的颜色根据你输入的和分析得到的分别标记不同的颜色，蛋白之间不同的关系也可以选择。可以通过Export Results导出txt数据，可以通过Functions 找到这些基因富集的通路并把这些基因可以提取出来 
还可以自己构建蛋白关系的背景数据，然后进行PPI分析，如此神器在手，PPI构建及分析如此简单。
今天就到这，如果大家有感兴趣的插件及学习心得可以联系我们。
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