基因共表达网络图和蛋白互作网络图分不清楚？

前面我们介绍了怎么对RNseq差异基因绘制个性化热图和共表达网络图，今天来教大家怎么利用差异基因绘制蛋白互作网络图。

这里先介绍一下基因共表达网络图和基因蛋白互作网络图的区别。

基因共表达网络图是指利用自己数据基因表达的相关性来判断哪些基因可能存在互作关系，也就是用自己的样本数据算出来的，相对来说样本越多计算出来的结果就越准。

基因蛋白互作网络图是利用数据库中已经知道存在互作关系的基因对绘制网络图，目前主要使用STRING在线网站进行基因蛋白互作网络分析。

STRING网址如下：

http:///cgi/input.pl?sessionId=TeJwpODUkVkG&input_page_show_search=on

1， 进入网站，界面如下：

2 ，点击Multiple proteins，把差异基因的name list直接复制粘贴进去，选择物种，最后点击SEARCH。

3， 点击CONTINUE继续，也可以先去掉一些不想展示的基因再点CONTINUE。

4 ，等待一会出现下面界面

5 ，鼠标往下拉，点击Settings，里面有很多参数可以设置

线条：

evidence：不同颜色的线表示不同互作关系来源；

confidence：相互作用越强连线越粗；

actions：不同颜色和形状的线表示不同的作用。

Score阈值：点太多的时候可以把值设高一点。

隐藏没有互作关系的点

5， 点击Export导出结果

这里可以导出png图片，也可以导出基因互作表格，然后自己利用cytoscape作图。

导出表格格式如下：

下面是最终导出的网络图。

ok，完成！

有兴趣的同学可以把导出的表格再用cytoscape自己绘制一下网络图，比较一下效果。

Cytoscape作图的教程前面有介绍过：

如何利用网络图给自己转录组数据的文章添彩