【技术帖】一篇带你玩转KEGG数据库注释

• 1.home网址：http://www./kegg/

• 2.关于kegg数据库的一些统计情况：http://www./kegg/docs/statistics.html截止2018.4.12该数据库总共包含：525个代谢通路(Pathway maps)，21,952条同源群(KEGG Orthology (KO) groups)，涉及物种442真核生物、4654细菌，268古细菌和317种病毒。涉及到基因数目26,161,327条。

• 3.区分map00010、ko00010、hsa00010

💎map:参考参考代谢通路图（图1），

💎ko:高亮过KOs的参考代谢通路图(图2紫色表示)

💎单属于人的代谢通路图以绿色标注出（图3绿色）

图 1代谢通路图map00010

图 2高亮KO后的map00010

图 3 人的map00010 

• 4. 特殊的代谢通路以及备注

💭（1）011与012:编码以011或012开头的代谢通路图为一些整合性质的

代谢通路图，总共包含9个。

💭（2）010:是化学结构图并没有新的KO扩展

💭（3）07:与药物结构相关的代谢通路图，并没有新的KO扩展

💭（4）常规基因kegg数据库注释分析，就是分析ko中去除011、012、010以及07开头的代谢通路，总共431条目。

💭（5）ko与KO的区别：ko号码是KEGG中一类参考代谢通路，而KO代表的是一类具有相似功能的基因簇。

• 5.在kegg数据库收费的情况如何实现对基因序列的批量注释？

💬（1）通过KEGG的API,首先你可以获得KEGG数据库中所有物种简写列表：http://rest./list/organism

💬（2）使用kobas软件，与koabs数据库做比对注释，kobas可以选择对应的参考物种，如果是未知物种可以选择ko,从kobas的输出结果中你可以获得你所注释的基因与kegg数据库中的geneID的对应关系

💬（3） 以人（hsa）为例，通过KEGG的API你可以获得你关心物种的基因geneID所对应的代谢通路也就是ko：http://rest./link/pathway/hsa

💬（4）以人（hsa）为例，通过KEGG的API你可以获得你关心物种的基因geneID所在的同源群也就是KO号: http://rest./link/ko/hsa

💬（5）最后结合kobas得到的query与geneID以及kegg数据库中得到的geneID与KO, geneID与ko之间的关系,就可以完整的到一组未知基因的kegg数据库注释了。

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才子 撰文

TC 、一棵麦子 整理编辑

本文系欧易生物原创