今天给大家介绍的是 RNAseqViewer,可以很方便地把来自RNA-Seq分析过程的各种数据可视化。 网址:http://bioinfo.au./software/RNAseqViewer/index.html 目前,RNAseqViewer支持7种常用的RNA-Seq分析的数据(见表一)。每种数据都可以呈现不同类型的可视化图,使得他可以同时展示几十个样本。 RNAseqViewer支持使用鼠标,键盘或界面上的按钮进行动态缩放和平移。通过指定坐标或基因名称可以直接访问特定位置。 同时,也对内存管理给予了特别的关注,以便可以在不超出内存限制的情况下可视化非常大的数据集,不会影响流畅性。 快速上手sample data:http://bioinfo.au./software/RNAseqViewer/download/sample_data.zip 首先我们需要添加注释文件,点击Datasets,选择Add Genome Annotations,然后将例子中的hg18.txt添加进去。就获得如下界面。
现在,在左边的列表中出现了新的轨道,就是刚刚加入的注释文件。 默认位置是轨道最开始的位置,在本例中为chr1:1-32。 你也可以搜索基因,输入坐标来查看其他区域。 比如,尝试在搜索框中输入 SLC25A6: 我们在hg18.txt中找到了两个注释。 选择Y染色体上的一个,然后单击“See >>”按钮,然后可以关闭搜索对话框。现在我们可以在染色体Y上看到基因SLC25A6。 我们也可以通过“Datasets”菜单添加更多的数据。 例如,我们可以通过AddRead Alignment添加SRR057629.bam文件和对应的可变剪切文件SRR057629-junctions.bed。 通过点击“Track list”中的图标可以更改不同的视图类型。
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