关于基因功能注释(GO和KEGG之类的)我们已经介绍过很多,DAVID大概是最常用的工具了,但其更新速度一直遭人诟病。。。今天给大家介绍一个非常好用的网站Metascape(http:///gp/index.html#/main/step1),虽然打着Meta的名号,却是一个基因功能注释分析的网站~~~ 先给大家演示一套最为常规的流程(默认的自动分析) 首先上传基因list,可以是文件,也可以直接复制粘贴到下面的框里 选好物种 ,进行分析就可以了 结果就全都在这个报告页面里了 基因功能富集分析 基因信息注释 基因功能聚类网络图 我们来看一下自定义分析有哪些内容 首先是基因ID的转换和注释 Enrichment里就是我们常见的基因功能富集,我们前面看到的那个条形图和我们平时做的KEGG和GO功能富集不同,就是因为下面这些自定义选项的不同,这里我们也可以改成平时熟悉的KEGG和GO。 接下来就可以导出结果,All in One Zip File里包含全部的分析结果 GO和KEGG注释结果都是这个EXCEL表格里 在基因功能富集中还做好了可视化结果(这个结果类似于Cytosacpe插件ClueGO的分析结果,不过Metascape没有显示具体的Term名称) PPI网络分析里甚至给你做好了MCODE的亚网络分析! 好了,这么好用的工具赶紧上手吧!最后祝大家五一假期玩得开心! |
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