发送 生信 到本公众号(freescience联盟)后台,查看更多系列~ 生信草堂 浙大生信博士团队倾力打造的一个科研人员学习交流的公众微信平台。我们致力于科研社区服务,分享最前沿的科技进展,提供生信分析方法,解读经典分析案例,公众数据库的挖掘和临床数据统计分析。在此我们欢迎各位的加入!戳 这里 的生信草堂公众号原文,请多关注哦~ Cytoscape是一款人见人爱的便捷工具,今天我们要继续介绍。 之前已经推送过一些介绍(点文字直达回顾): 构建生物网络案例实践(二)STRING的使用操作示例 蛋白互作--构建生物网络案例实践Cytoscape的使用操作示例 生信分析中我们经常会做KEGG和GO富集分析,一般拿到结果后就想到用柱状图展示pathway的富集情况。比如下面这样: 如果学会使用Cytoscape中的ClueGO+CluePedia插件,可以帮我们更形象地展示pathway之间的关系,以及gene在pathway中的富集情况,论文插图瞬间提示一个档次,比如像这样: 下面我们就来看一下如何使用Cytoscape中的ClueGO和CluePedia插件。 Step1:安装Cytoscape Cytoscape依赖于最新版本的java,安装前需要先安装好java8。 Cytpscape软件可以在官网下载:http://www./download.php。 下载完成后双击图标既可以按照提示完成安装,就不具体介绍了。 Step2:安装ClueGO和CluePedia插件 安装完成后,打开Cytoscape。在主界面中选择Apps-App Manager,在弹出的对话框中分别搜素ClueGo和CluePedia并安装这两个插件,安装过程需要联网。 ClueGO第一次使用还需要按照提示申请license,申请网址为; http://www.ici./cluego/cluegoLicense.shtml。 点击Request a license key,填写基本信息之后提交审核,审核时间可能需要几天。拿到license之后点击App-ClueGO,在弹出的提示框中输入license即可激活ClueGO。 激活ClueGO Step3:使用Cytoscape进行pathway富集分析及可视化 如下图所示,在ClueGO+CluePedia面板中选择相应的参数,并将需要分析的基因列表粘贴到3的方框中,点击start开始分析。 右上角的面板中会显示下图这样的pathway关系图,展示富集出来的显著差异的pathway及其之间的关系,右下角的面板会展示pathway的P值信息: 下面,我们还需要用CluePedia对上面得到的图进行优化调整,并且显著基因在pathway中的富集情况。在右下角的面板中点击CluePedia选项,下面有一行选项可以改变网络的展示形式,并且显著基因与pathway之间的联系。之后便可以得到包含基因的pathway图。可以使用鼠标对edge进行微调,也可以在Layout中进一步调整图片展示形式。 Step4:导出结果 在左上角的选项中,可以选择导出图片和表格,分辨率可以选择最大。 右下角的ClueGO面板中也可以将ClueGO的结果导出为表达。 ClueGO+CluePedia的使用就介绍到这里,Cytoscape中还有许多非常实用的插件,今后会有更多相关介绍。 点 这里 领我们整理的软件库 |
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